在法院系统不断对涉及域名问题的纠纷进行探索的同时，CNNIC也在为完善域名注册体系进行着探索。其中最重要的，就是对《暂行办法》的修订。从1999年底开始，CNNIC就已经开始了域名注册管理办法和实施细则的修订调研工作，2000年1月，CNNIC工作委员会会议正式建议信息产业部修订《中国互联网络域名注册暂行管理办法》。经过一系列的调研、论证和研讨，2000年7月6日，CNNIC工作委员会原则通过了《中国互联网络域名注册暂行管理办法》修改建议稿，并上报信息产业部修改批准。2002年3月14日，信息产业部召开第9次部务会议，审议通过新的《中国互联网络域名管理办法》，2002年8月1日，信息产业部吴基传部长签署第24号部令，发布《中国互联网络域名管理办法》(以下简称《管理办法》)。[23]
《管理办法》确立了我国以政府主导为特色的域名管理机制。按照原《暂行办法》的规定，我国的域名管理机构是国务院信息办。根据国务院信息办的文件，CNNIC在业务上接受国务院信息办的领导，在行政上接受中国科学院领导。[24]国务院信息办属于行政序列，中国科学院也是一个半官方的机构，这就使得中国的域名的管理事实上走了政府主导的形式——尽管CNNIC专家委员会主要是由相关学者组成的，但它只起到一个“协助”信息办管理域名的作用。1998年国家机构改革以后，作为《暂行办法》中的域名管理机构的国务院信息办被撤消，暂行办法也就明显不适应要求了。《管理办法》第五条规定：“信息产业部负责中国互联网络域名的管理工作。”
在域名管理的体制上，世界各国大都采用民间管理的形式。在域名的发源地美国，域名的管理权一开始也是直接掌握在政府手中的。20世纪60年代至80年代，域名系统的主要发明者波斯特博士(Dr. Postel)一直是作为美国国防部高级研究计划署的雇员管理着当时的国际互联网数码分配当局(Internet Assigned Numbers Authority, IANA)，但这种由单个人说了算了的行政管理体制天生存在的不稳定性逐渐被人们所诟病。[25]1992年12月31日，美国国家科学基金会(NSF，属于美国政府)与网络方案公司(Network Solutions Inc., NSI)达成合作协议，确立了由NSI负责国际互联网域名协调和维护的机制。随着网络的的不断发展，各国对NSI通过合同关系与NSF签订协议来管理域名系统的方式仍十分忌惮(这种方式在本质上仍然是美国政府管理域名系统，只不过是通过合同授权给NSI而已)，害怕美国借此操纵互联网，因而建立“正式而稳固的管理结构”成为许多“把自己的未来紧系于互联网”的利益集团共同的呼声[26]。经过数年的探索，在美国、欧盟等政府以及世界知识产权组织等国际组织的共同努力下，一个独立于政府的、民间的国际顶级域名管理机构终于在1998年11月建立，这就是国际互联网名址分配公司(ICANN)。ICANN是一个非盈利性的组织，由一个纯粹民间性质的委员会管理，各国政府的代表是不能进入这个委员会的，各国政府和政府间国际组织只能作为互联网用户和没有投票权的建议者存在[27]。ICANN与NSI不同，它只负责域名根服务器的管理，不直接进行域名注册服务(这可以保证它的非盈利性和独立性)，域名注册服务则由ICANN授权给NSI等几家商业机构完成。
我国的《管理办法》中，根据我国的国情，采用了信息产业部和“域名注册管理机构”双重管理的模式。尽管《管理办法》对“域名注册管理机构”(即CNNIC)究竟是否属于民间组织性质没有明确界定，但从字里行间我们可以体会到：中国的“域名注册管理机构”应该是属于民间性质的机构——首先，管理办法在列举信息产业部管理域名的职责时，有这样的规定：“管理在中华人民共和国境内设置并运行域名根服务器的域名根服务器运行机构。”这说明CNNIC只是一个被管理的对象。其次，《管理办法》第八条说：“域名注册管理机构和各级域名持有者根据本办法及相关规定的要求，负责其下一级域名的注册管理及服务。”把CNNIC和域名持有者放在一起表述，也体现了CNNIC的非政府性。
《管理办法》不但事实上承认了CNNIC的非政府性，而且依照国际惯例将域名注册的职能从CNNIC划分出去，由商业机构运作——CNNIC的职责仅限于四个方面：(1)运行、维护和管理相应顶级域名服务器和数据库，保证域名系统安全可靠地运行;(2)根据本办法制定域名注册相关规定;(3)按照非歧视性原则选择域名注册服务机构;(4)对域名注册服务机构的域名注册服务进行监督管理。[28]
除了理清CNNIC的性质和职责外，《管理办法》的另两个重要进步在于允许域名的自由转让和开放个人注册域名。原《暂行办法》之所以禁止域名的转让和个人注册域名，目的在于遏止域名抢注，但事实证明域名抢注并未因此而销声匿迹，域名抢注也无法仅仅通过限制转让和注册来解决。域名作为一种标识，本身具有一定的商业价值，一个创意独特的域名甚至还凝结着注册人的智力劳动成果，允许域名转让本是理所应当的。至于个人可以和企业一样自由地注册域名，则更是市场经济主体平等的基本要求。
