只要采取合理保密措施，软件设计思想一般都符合技术秘密的要件，从而受《反不正当竞争法》等法律法规的保护。
技术秘密保护的好处在于可以使包含于程序和文档中的技术方案和技术信息本身得到保护，而不仅仅限于这些信息的表达形式。从这个角度来说，技术秘密的保护和著作权的保护并不冲突，可以并行存在。在实际中，虽然程序源代码明确受著作权保护，但许多权利人仍热衷于将其作为一种技术秘密进行保护。
进行技术秘密保护应当注意主要通过合同确定保密义务人的合理范围和保密信息的合理范围。
保密义务人的范围应当包括技术开发人员及项目管理者等聘用人员，被许可使用人，复制品购买者及最终用户等，主要限制这些人员自行实施或未经许可向他人透露包含这些技术秘密的内容，但不能因此这些人员的合理权利，主要目的是限制这些人员利用软件设计思想自行开发类似软件，或为他人利用软件设计思想开发类似软件提供其特有的便利条件。
保密信息的范围应当尽量表面抽象定义或泛泛而论，避免认定上的不确定性。最好结合程序、文档，将体现软件设计思想的实质性部分以技术性语言清楚地写明，可以是明确表达出来，也可以是约定一个没有争议的范围。
技术秘密的保护使得技术信息超脱其表达形式而使其本身受到法律保护，但在实践中，其与其他商业秘密的保护一样，面临一些共同的问题，比如公知技术的确认、泄漏秘密渠道证据的确认、法律不禁止的破解(如反向工程等)、实质相同或相似的认定等，导致在保护上也常颇费周折。
