申请认证企业必须依据绿色食品标准组织生产、管理。至2003年底已经制定的绿色食品标准有：
(一)、绿色食品产地环境质量标准
1、《绿色食品 产地环境技术条件》(NY/T391～2000)
2、《绿色食品产地环境质量现状评价技术导则》
(二)、绿色食品生产技术标准
1、《绿色食品 农药使用准则》NY/T393～2000
2、《绿色食品 肥料使用准则》NY/T394～2000
3、《绿色食品 食品添加剂使用准则》NY/T392～2000
4、《绿色食品 饲料和饲料添加剂使用准则》 NY/T471～2001
5、《绿色食品 兽药使用准则》NY/T472～2001
6、《绿色食品 动物卫生准则》NY/T473～2001
7、《绿色食品 渔药使用准则》NY/T755～2003
(三)、绿色食品产品标准
95年制定了25个(NY/T268～292～95)：包括苹果、黄瓜、番茄、菜豆、豇豆、啤酒、干白葡萄酒、半干白葡萄酒、干红葡萄酒、半干红葡萄酒、干桃红葡萄酒、大豆、大豆油、高级大豆烹调油、茶叶(2000年修订)、咖啡粉、橙汁和浓缩橙汁、番石榴果汁饮料、西番莲果汁饮料。
2000年制定了20个( NY/T418～437～2000)：玉米、大米、花生(果、仁)、小麦粉、白砂糖、鲜梨、鲜桃、猕猴桃、柑桔、哈密瓜、葡萄、黑打瓜籽、食红花籽油、番茄酱、白酒、植物蛋白饮料、果汁饮料、水果蔬菜脆片、果脯、酱腌菜。
2002年修订了绿色食品啤酒标准(NY/T273～2002)、绿色食品茶叶标准(NY/T288～2002)，制定了绿色食品乳制品标准(NT/T657～2002)，绿色食品白菜类蔬菜(NY/T654～2002)、茄果类蔬菜标准(NY/T655～2002)(蔬菜类共分8类)。
2003年制定了绿色食品绿叶类、葱蒜类、根菜类、甘蓝类、瓜类、豆类蔬菜标准以及绿色食品食用菌、热带亚热带水果、食用植物油、峰产品、禽肉、蛋及蛋制品标准(NY/T743～754～2003)
(四)、绿色食品包装、储运标准
1、《中国绿色食品商标标志设计使用规范手册》
2、《绿色食品包装通用准则》NT/T658～2002
绿色食品是指遵循可持续发展原则，按照特定生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品商标标志的无污染安全、优质、营养类食品。
4、“添加剂使用情况”栏“名称”不可缩写，不可填写“甜味剂”、“色素”、“香精”等集合名称，应填写通用名称;“用量”栏用千分数(‰)表示，不可用“kg”、“g”等重量单位;“备注”栏内应注明添加剂品牌及生产单位;
5、每项必须填写，不得涂改(如属笔误，进行杠改);
6、该表不可多个产品混填。
第三节 文字材料目录及要求
一、申报绿色食品的报告(要求见附件8)
二、保证执行绿色食品标准和规范的声明(要求见附件9)
三、企业简介(要求见附件10)
四、营业执照(当年年检合格)
五、卫生许可证(当年有效)
六、职工健康证(有效期内的5～8人的样本)
七、商标注册证或受理证明(商标注册人与绿色食品申报主体一致，如有主体变更、许可使用、续展等情况，需有文件说明)
八、产品执行标准(按绿色食品标准～国标～行业～企标的顺序采标)
九、工艺流程框图(加工产品，需和生产操作规程中的流程一致)
十、加工产品生产操作规程，要求：
1、原、辅料来源、验收、储存及预处理方法;
2、生产工艺及主要技术参数，如温度、浓度、杀菌方法、添加剂的使用;原、辅料比例;添加剂应注明品种、用途、使用量;使用量用千分数(‰)表示;
3、主要设备及清洗方法;
4、包装、仓储及成品检验制度;
5、需正式打印件，并加盖公章。
十一、加工产品原料主料、辅料、配料的比例、用量及来源表
十二、加工产品生产设备清单
十三、质量管理手册(制度)，要求：
公司应建立一套详细的管理制度，确保基地(农户)严格按绿色食品要求进行生产。公司应建立一套科学合理的组织机构，明确组织、管理绿色食品生产的机构、职责及主要负责人;所设机构应全面，包括基地管理、技术指导、生资供应、监督、收购、加工、仓储、运输、销售等各个环节的部门。公司应建立一套详细的培训制度，加强对干部、主要技术人员、基地农户有关绿色食品知识培训。要求公司对基地和农户进行统一管理(即统一供应品种、统一供应生产资料、统一技术规程，统一指导、统一监督管理、统一收购、统一加工、统一销售)，各管理措施要求详细，符合实际情况，并具可操作性;如公司委托第三方技术服务部门进行管理，需签订有效期为3年的委托管理合同，受托方按上述要求制定具体的管理制度。
十四、企业平面图(绿色食品与非绿色食品原料、生产线、成品库要区别标明)
十五、种植规程，要求：
1、规程的制定要因地制宜、具有科学性和可操作性;
2、规程的制定要体现绿色食品生产特点。病虫草害防治应以生物、物理和机械方法为基础;施肥应以有机肥为基础;
3、内容应详细，包括：立地条件，品种和茬口(包括轮作方式)，育苗与移栽，种植密度，田间管理(肥、水)，病虫草鼠害的防治，收获及亩产量等;
4、农药使用应注明名称、剂型规格、标的、方法、使用次数及安全间隔期;
5、需正式打印件，并加盖公章。
十六、种植管理制度(工厂化模式)
1、种植委托管理协议、种植卡、种植户汇总表、花名册(基地+农户模式)，要求：
建立稳定的生产基地，并列出各基地名称、地址、负责人、电话、作物(或动物)品种、种植面积(养殖规模)、预计产量;基地要求具体到最小单元村(场);公司应建立详细农户清单，包括所在基地名称、农户姓名、作物(动物)品种、种植面积(养殖规模)、预计产量;对于基地农户数超过1000户的申请企业，可以只提供1个基地的农户清单样本，但企业必须以文字形式声明已建立了农户清单;基地图在当地行政区划图基础上绘制，应清楚标明各基地方位及周边主要标志物方位。[page]
公司应与各基地签订合同(协议)，合同(协议)有效期应为3年;合同(协议)条款中应明确双方职责，明确要求严格按绿色食品生产操作规程及标准进行生产，并明确监管措施，合同(协议)中应标明基地(农户)名称、作物(动物)品种、种植面积(养殖规模)、预计收购产量等。
基地的生产管理可由公司委托当地(乡、镇)农技推广部门负责，并签订委托管理协议。
十七、养殖规程，要求：
1、规程的制定要因地制宜，具有科学性和可操作性;
2、规程的制定应体现绿色食品生产特点。以预防为主，优先建立严格生物安全体系，改善饲养环境、加强饲养管理、增强动物自身的抗病力;
3、内容应详细，包括：养殖场所卫生环境条件、环境消毒、饲料、饲料添加剂、饲料加工、防疫、体内外寄生虫及疾病防治、屠宰、检疫、仓储、运输、包装及生产管理等环节;
4、饲料及饲料添加剂使用应根据动物各生长阶段营养需要合理调配;药剂的使用应注明品种、剂型、使用方法、使用剂量及停药期;
5、需正式打印件，并加盖公章。
十八、养殖管理制度(工厂化模式)
1、养殖委托管理协议、养殖卡、养殖户汇总表、花名册(基地+农户模式)，要求同种植类。
十九、饲料详细配方与来源汇总表
二十、饲料加工规程(申报企业自行加工)
二十、(委托加工)
1、饲料加工规程
2、委托加工合同
3、现场检查情况
4、工艺流程框图
5、环境监测报告
6、产品检测报告
二十一、卫生防疫规程
二十二、基地地理位置和平面布局图
二十三、购买原料的证明，包括三年的合同(或三年的协议，一年的供货合同)，近期的1～2批购货发票，加盖供货单位公章的原料绿色食品证书。
二十四、当地政府环保规定或规划
二十五、企业和产品获奖证明
二十六、检查员现场检查、培训及其它有关企业、产品的照片
二十七、有关肥料、农药的标签、说明书
二十八、绿色食品知识培训登记表
二十九、现场检查首次会议、总结会(要求主要负责人、各生产部门负责人到场签字，参加会议)签到簿
第四节 其它材料要求
对于不同类型的申请企业，依据产品质量控制关键点和生产中投入品的使用情况，还应分别提交以下材料：
一、矿泉水申请企业，提供卫生许可证、采矿许可证及专家评审意见复印件;
二、对于野生采集的申请企业，提供当地政府为防止过渡采摘、水土流失而制定的许可采集管理制度;
三、对于屠宰企业，提供屠宰许可证复印件;
四、从国外引进农作物及蔬菜种子的，提供由国外生产商出具的非转基因种子证明文件原件及所用种衣剂种类和有效成份的证明材料;
五、提供生产中所用农药、商品肥、兽药、消毒剂、渔用药、食品添加剂等投入品的产品标签原件;
六、生产中使用商品预混料的，提供预混料产品标签原件及生产商生产许可证复印件;使用自产预混料(不对外销售)，且养殖方式为集中饲养的，提供生产许可证复印件;使用自产预混料(不对外销售)，但养殖管理方式为“公司+农户”的，提供生产许可证复印件、预混料批准文号及审批意见表复印件;
七、外购绿色食品原料的，提供有效期为一年的购销合同和有效期为三年的供货协议，并提供绿色食品证书复印件及批次购买原料发票复印件;
八、企业存在同时生产加工主原料相同和加工工艺相同(相近)的同类多系列产品或平行生产(同一产品同时存在绿色食品生产与非绿色食品生产)的，提供从原料基地、收购、加工、包装、贮运、仓储、产品标识等环节的区别管理体系;
九、原料(饲料)及辅料(包括添加剂)是绿色食品或达到绿色食品产品标准的相关证明材料;
十、预包装产品，提供产品包装标签设计样。
第五章、使用绿色食品标志的有关费用
一、 环境监测费用
一年内由县级以上农业、环保、卫生、水利等部门出具的具有法定效力的水质监测数据、三年内的土壤质量监测数据为有效数据，结合环境质量现状调查情况，由检查员确定补测的环境监测项目。环境监测可由申请认证单位委托环境监测部门根据NY/T391～2000《绿色食品 产地环境技术条件》进行监测、评价。监测机构收取相应费用。
二、产品检测费用
检查员在现场检查时确定产品抽检方案。企业可委托绿色食品定点监测机构根据申报产品执行标准进行产品质量检测。监测机构收取相应费用。
三、认证费
同一企业申报的同类别的第三个产品开始为系列产品，以下同。非系列产品每个产品8000元;系列初级产品每个产品1000元;系列加工产品每个产品2000元或3000元。
四、标志使用费
初级产品：非系列产品每个产品每年1000～1800元，系列产品每个产品每年100～600元;初加工产品：非系列产品每个产品每年1500～2500元，系列产品每个产品每年500～800元;深加工产品：非系列产品每个产品每年2500～3000元，系列产品每个产品每年800～1000元;酒类非系列产品每个产品每年7500～12500元，系列产品每个产品每年2500～4000元;
第六章、绿色食品标准目录
申请认证企业必须依据绿色食品标准组织生产、管理。至2003年底已经制定的绿色食品标准有：
(一)、绿色食品产地环境质量标准
1、《绿色食品 产地环境技术条件》(NY/T391～2000)
2、《绿色食品产地环境质量现状评价技术导则》
(二)、绿色食品生产技术标准
1、《绿色食品 农药使用准则》NY/T393～2000
2、《绿色食品 肥料使用准则》NY/T394～2000
3、《绿色食品 食品添加剂使用准则》NY/T392～2000
4、《绿色食品 饲料和饲料添加剂使用准则》 NY/T471～2001
5、《绿色食品 兽药使用准则》NY/T472～2001
6、《绿色食品 动物卫生准则》NY/T473～2001
7、《绿色食品 渔药使用准则》NY/T755～2003
(三)、绿色食品产品标准[page]
95年制定了25个(NY/T268～292～95)：包括苹果、黄瓜、番茄、菜豆、豇豆、啤酒、干白葡萄酒、半干白葡萄酒、干红葡萄酒、半干红葡萄酒、干桃红葡萄酒、大豆、大豆油、高级大豆烹调油、茶叶(2000年修订)、咖啡粉、橙汁和浓缩橙汁、番石榴果汁饮料、西番莲果汁饮料。
2000年制定了20个( NY/T418～437～2000)：玉米、大米、花生(果、仁)、小麦粉、白砂糖、鲜梨、鲜桃、猕猴桃、柑桔、哈密瓜、葡萄、黑打瓜籽、食红花籽油、番茄酱、白酒、植物蛋白饮料、果汁饮料、水果蔬菜脆片、果脯、酱腌菜。
2002年修订了绿色食品啤酒标准(NY/T273～2002)、绿色食品茶叶标准(NY/T288～2002)，制定了绿色食品乳制品标准(NT/T657～2002)，绿色食品白菜类蔬菜(NY/T654～2002)、茄果类蔬菜标准(NY/T655～2002)(蔬菜类共分8类)。
2003年制定了绿色食品绿叶类、葱蒜类、根菜类、甘蓝类、瓜类、豆类蔬菜标准以及绿色食品食用菌、热带亚热带水果、食用植物油、峰产品、禽肉、蛋及蛋制品标准(NY/T743～754～2003)
(四)、绿色食品包装、储运标准
1、《中国绿色食品商标标志设计使用规范手册》
2、《绿色食品包装通用准则》NT/T658～2002
绿色食品是指遵循可持续发展原则，按照特定生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品商标标志的无污染安全、优质、营养类食品。
