强化政府监管
条例规定：县级以上地方人民政府应当建立健全食品安全监督管理部门的协调配合机制，整合、完善食品安全信息网络，实现食品安全信息共享和食品检验等技术资源的共享。条例还特别明确了县级、市级人民政府统一组织、协调食品安全监管工作的职责。此外，条例还强化了各部门在食品安全监管工作中的协调与配合。
重大事故问责
条例规定：县级以上地方人民政府不履行食品安全监督管理法定职责，本行政区域出现重大食品安全事故、造成严重社会影响的，依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过、降级、撤职或开除的处分。县级以上卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门或其他有关行政部门不履行食品安全监督管理法定职责、日常监督检查不到位或滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的，依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过或降级的处分;造成严重后果的，给予撤职或开除的处分;其主要负责人应引咎辞职。
事故发生2小时内须上报
系列食品安全事件产生的影响与危害之所以如此大，除不法商家的胆大妄为外，还有一个重要原因就是瞒报不报。为此，条例规定：发生食品安全事故的单位对导致或可能导致食品安全事故的食品及原料、工具、设备等，应立即采取封存等控制措施，并自事故发生之时起2小时内向所在地县级人民政府卫生行政部门报告。
5种情形启动风险评估
食品安全法规定了风险评估，体现了预防为主、科学监管的指导思想。在此基础上，条例明确下列情形应当启动食品安全风险评估工作：(1)为制定或修订食品安全国家标准提供科学依据需要进行风险评估的;(2)为确定监督管理的重点领域、重点品种需要进行风险评估的;(3)发现新的可能危害食品安全的因素的;(4)需要判断某一因素是否构成食品安全隐患的;(5)国务院卫生行政部门认为需要进行风险评估的其他情形。
详细规定召回制度
条例对食品召回制度作出详细规定：对依照食品安全法第53条规定被召回的食品，食品生产者应当进行无害化处理或予以销毁，防止其再次流入市场。对因标签、标识或说明书不符合食品安全标准而被召回的食品，食品生产者在采取补救措施且能保证食品安全的情况下可以继续销售;销售时应向消费者明示补救措施。
进一步明确“病毒性肝炎”的范围
条例规定：从事接触直接入口食品工作的人员患有痢疾、伤寒、甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎等消化道传染病，以及患有活动性肺结核、化脓性或渗出性皮肤病等有碍食品安全的疾病的，食品生产经营者应当将其调整到其他不影响食品安全的工作岗位。
