行政处罚是登记管理机关对民间组织进行管理的行政强制性处理，民政部门必须以事实为依据，以民间组织登记管理条例为准绳，根据民间组织违法违规的事实和违规轻重程度进行处罚。对民间组织的行政处罚分警告、责令改正等7种。
(1)警告。属于较轻的处罚，既有教育的性质，又有处分的性质，是对民间组织违反法律、法规的行为进行谴责和惩戒。
(2)责令改正。也属较轻的处罚，强制民间组织对于某项具体违法违规，行为进行纠正和改正。可以与警告同时使用。
(3)限期停止活动。属较严厉的处罚，责令有较重违法违规行为的民间组织在一定期限内停止活动，限止它们在这一期限内的活动自由，责成其整改，纠正违法违规行为。停止活动要规定明确的具体期限，期限届满，民间组织已纠正违法违规行为，达到恢复活动的条件，民政部门应准予恢复活动，未达到条件的可延长停止活动的期限。被限期停止活动的民间组织，由登记管理机关封存其登记证书、印章和财务凭证。
(4)责令撤换直接负责的主管人员。此项处罚可与期限停止活动同时使用。
(5)撤销登记。这是对民间组织最严厉的处罚，是对民间组织违法违规有情节严重、影响较坏的行为进行的取消民间组织资格的处置，如在申请登记时弄虚作假，骗取登记，或者民间组织拒不接受登记管理机关的监督检查，均可以撤销登记。
(6)没收违法经营额或者违法所得。对民间组织从事营利性经营活动的违法收入或者其它违法所得，应当予以没收。
(7)罚款。在实施没收违法经营额或者违规所得的同时，登记管理机关可以视情况对民间组织处以违法经营额1倍以上3倍以下或者违法所得3倍以上5倍以下的罚款。
民间组织的活动违反其他法律、法规的，由有关国家机关依法处理;有关国家机关认为应当撤销登记的，由登记管理机关撤销登记。民间组织及其工作人员构成犯罪的，依法追究刑事责任。
