1、审计计划随意性较大，审计计划的安排缺乏长远性、科学性。一些审计机关制定年度计划前，在经济工作宏观角度考虑不够，也不做深入的调查研究，计划的重点不突出，落实计划的措施和目标、要求不明确。表现在临时“拍脑袋”现象比较严重，计划编制时间晚，立项前的调查研究不充分，计划的编制缺乏科学性等;而且审计计划编制中也存在“重年度计划轻中长期计划”的问题。
2、审计计划管理的统筹、协调、综合能力低。审计计划管理主要是改善内部管理，扩大信息交流和信息资料的分析利用，建立综合的被审计对象信息资料，并进行搜集、分析、整理和利用。目前，审计机关对信息的收集、分析、处理、交流和积累能力不高，效率低下。同时，由于执法水平、政策水平、分析问题的能力等方面的差异，对性质相同事项的定性、处理，不同的审计人员会有不同的意见，这些都是直接导致审计风险的因素。
3、以项目为中心的管理模式，导致信息不匹配，管理难度大。审计署每年下发的审计计划都是围绕项目来进行的，而审计项目如何分类一直是困扰审计机关多年的一个难题，由于分类标准不明，有的一个被审计单位称一项，有的同一性质的称一项有的一个检查事项为一项，有的一个大行业为一项而且各年间、各业务部门间分类标准也不统一，造成与事实不符的假象，导致反映审计成果的统计信息与审计计划严重脱节，难以匹配，使得以项目完成为基础的统计数据无法反映当年真实的审计情况。
