1.外部原因
审计机构缺乏独立性。企业内部审计是企业的内部机构，一方面根据上级审计的安排进行审计活动，遵循一定的审计原则和规范。同时又在本单位领导的领导下开展工作，为本单位实现经营目标提供服务，审计人员的工资福利待遇也是工作单位提供的，这就造成了内部审计人员在工作时不可避免的受到一定制约。在具体工作开展中面临着领导与领导之间、同事之间以及部门之间错综复杂的关系，相关当事人不是领导就是同事或者朋友，难以公平、公正、独立的开展内部审计业务，影响内审工作的权威性。
内部审计对象的复杂化。当前，企业经营日益多元化，企业交易日益增多，内部审计对象也日益复杂，被审计单位的会计信息资料越来越多，大量虚假或者错误的资料信息混杂在其中，审计人员获得正确资料的难度在不断加大，失察的可能性也随之加大。而且当前企业内部审计的职责也在不断扩大，从传统的财务收支审计、经济责任设计向管理责任审计过渡，审计的职能也不仅仅是经济监督，在经济评价以及鉴证方面也发挥着越来越重要作用，这一切都使得审计人员承担的责任加大、风险加大。
2.内部原因
内部审计人员的整体素质不高。企业内部审计人员的素质与审计风险息息相关，内部审计工作对专业性要求较高，需要内部审计人员了解政策法律法规、具备成熟的审计经验和技能，具有较高的审计工作职业道德。尤其是目前企业内部审计工作的职责和范围越来越广，对审计人员的要求也越来越高，一些单位的内部审计人员知识结构单一、缺乏审计经验，对先进的审计方法和手段不熟悉，导致在内部审计工作中经常会出现差错。有的内部审计人员不能客观、公正的开展工作，怕得罪人、怕打击报复，对重大问题不敢揭露和追查，或者故意提供与事实不符的审计报告将问题隐瞒过去，这些行为都带来了审计风险的发生。
审计方法和技术落后。随着内部审计对象越发广泛和复杂，审计对象不同、审计目的不同，审计方法也应该有所差别，如果所选审计人员出现差错，会使审计结果的正确性大打折扣。而且也会增加审计时间、降低审计效率。目前我国企业内部审计大多采用抽样审计的方法，抽样审计是以个体来推断整体，所选的样本和整体之间肯定存在一定的误差，造成审计风险。再就是本着成本效益原则，企业内部审计人员在审计时会选择审计成本小的审计程序，这可能会使一些正确的审计程序被弃用，导致审计结论出现差错。
