1.严格执行审计程序，降低检查风险，确实提高审计质量
由于关联方交易审计的固有风险和控制风险较高，所以在实施审计的全过程中，注册会计师应严格执行审计程序，注意降低检查风险。在审计计划阶段，充分了解被审计单位内部控制制度的设置和运作、经营状况以及所属行业的基本情况，以便进行风险评估，确定审计实施的重点和相应的审计程序。审计实施阶段，进行外部调研，落实被审计单位的“控股股东”和“关键控制人”，以完整认定关联方。另外，鉴于现今关联方交易的非关联化， 审计人员还应按实质重于形式的原则来认定关联方，关注一些可疑的隐形关联方。例如，上市公司将一笔非货币性交易的资产置换，当作两笔货币性交易处理，即将原本一笔资产置换业务，转变为出售资产与购入资产两笔货币性交易业务，以逃避《企业会计准则———非货币性交易》的约束，达到 增加公司利润的目的，使注册会计师很难发现。因此注册会计师在确定关联方后，还应分析关联方交易的会计处理和披露是否真实公允。需实施一定的审计程序，检验对于关联方交易的会计处理的定价是否符合会计准则的有关要求，并关注被审计单位财务报告及附注中关于关联方交易的披露情况，确定其是否符合充分性和重要性原则，以合理判断关联方交易对会计报表的影响程度。
2.保持足够的专业怀疑态度，谨慎遴选客户，审慎承接业务
在关联方及其交易的审计过程中，审计人员很容易遭遇“陷阱”，要么陷进“串谋作假”的泥潭不能自拔，要么缺乏慧眼出现审计失败陷入法律诉讼。因此，会计师事务所在承接有关关联方交易的审计业务时，除应考虑被委派人员的能力、职业道德情况外，同时还应考虑他们的专业特长。而审计人员从事审计时，应保持足够的专业怀疑态度，不过分依赖管理当局的承诺和提供的资料，力求高质量的审计证据;同时在对客户的了解过程中一定要保持谨慎的态度，深入了解管理层的可信赖程度及所承受的压力，企业的外部经营环境，行业竞争情况和发展前景，客观评估所观察到的情况及所搜集的证据，充分理解一些重大关联方交易对被审单位生产经营的影响程度，确定其是否在会计报表中得到真实与完整的披露，若难以理解某一重大关联方交易的真正意义，还应向专家咨询或聘请专家协助工作。同时，会计师事务所在承接有关联方交易的审计业务前，由于审计诉讼一般都发生在经营失败而破产的企业，所以对于经营状况不佳的企业更应高度关注，对其经营风险进行评估，根据事务承受能力判断，如果风险过高，事务所难以承受，应果断拒绝承接该业务，以避免成为上市公司经营失败的“替罪羔羊”。
3.树立风险意识，与管理当局沟通，明确会计责任与审计责任
对于关联方交易的审计的信息主要来源于被审计单位提供的资料，所以与管理当局的良好沟通， 是审计人员实施审计过程中重要的一环，是顺利完成审计工作的基础。通过沟通，有助于分清双方的责任，建立良好的工作关系，从而保证执行质量，提高审计效果与效率。。因此， 审计人员无论签订业务约定书，编制审计计划，还是在审计实施和报告阶段，审计人员都应该与管理当局保持良好的沟通。有鉴于关联方及其交易审计的复杂性，在审计的实施阶段，审计人员应注意就其审计中发现的重大错误或可能违反法规的行为，以适当的方式告知管理当局;在审计报告阶段，则应就关联方交易涉及的重大调整事项、其披露存在的对审计报告有重大影响等事项进行沟通，提请进行适当处理，并根据沟通情况，考虑审计意见的类型。
