1.1 建立健全水利工程审计体系，实施质量全程监控
水利建设范围相对较广，在水利专项资金的使用管理过程中，存在着个别擅自挪用，挤占建设成本甚至财务管理不善，单位内部控制不健全等问题。因此，水利工程审计部门要建立与之相适应的审计体系，确立怎样审、什么时间审、审什么等具体问题。要想保证投资计划按期完成，各个项目的建设能顺利进展，需要着重做好以下几个方面的工作。首先要引起思想上的高度重视，应该对水利管理工程实施更加有效和直接的监督体系，进行全过程监督。如何才能做到全过程监督?许多专业人员提出了“跟踪审计”理念，即水利工程审计随着施工进度而同步开展，审计的内容包括投资、进度、质量三方面。因为水利工程从开始立项到竣工验收支付使用都是动态的。加之这一工程的建设周期较长，有些可能跨度若干年。如果紧靠工程完成以后再进行审计，那么水利单位审计人员在其工作过程中发现的某些问题也无法弥补，势必给单位造成无法挽回的损失。所以应该建立健全水利工程审计体系，从工程立项、招投标、项目实施以及最后竣工验收的整个建设周期内实施跟踪审计，扩大审题范围，加强工程项目的中间监督，变事后监督为自始至终的监督，才能圆满完成水利工程的审计工作。
1.2 提高审计人员素质，把好工程审计质量关
要保证水利工程的审计质量，审计人员的综合素质是最为关键的因素。首先是政治素质。水利审计人员要有较高的政治思想素质，在审计工作中，坚持原则，不徇私情，实事求是，客观公正，自觉抵制社会上的不正之风，对违法犯罪行为敢于揭发，敢于斗争。其次是业务素质。水利审计人员要刻苦钻研业务知识，及时学习和掌握国家、地方有关部门颁布的工程造价管理的新规定、新政策;积极深入市场调查研究，及时搜集和掌握市场价格动态信息;熟悉工程量计算的规则，熟悉招投标文件内容，熟悉有关工程建设的经济法律、法规政策，熟悉计算机知识。另外，还要形成一种制度即组织在职的水利审计人员定期参加一下有关的讲座或宣讲，使他们接受继续教育，让每个人员都有机会吸取新的审计知识，不断的提高自己业务水平，进而提高整个部门和单位的影响力。不断提高和丰富自己的业务知识水平。除此之外，从人员的聘用上水利审计部门还应该进行严格选拨，要定时的组织相关部门的审计人员认真的学习法律法规，学习水利工程审计专业知识，不断的提高水利工程审计人员的综合素质。
1.3 增强审计人员法制意识，促进依法审计工作
国家以及相关水利工程审计部门对工程审计工作制定了比较完善的法律法规和规章制度。对水利审计部门和审计人员作了十分具体而明确的规定即水利工程审计人员必须明确自身所承担的法律责任，要依法开展各项水利工程审计工作，严格依照法定程序开展审计工作，严格把好工程审前调查关、审计取证关，严格执行三级复核制度，强化对审计全过程的程序和质量控制，确保审计结果经得起检验。总之，工程审计人员必须提高对审计法制建设的认识，通过加强工程审计法制宣传教育、创新工程审计法制理念、规范工程审计执法行为，充分发挥审计部门法制建设的作用来促进依法审计工作。
