医院审计工作中审计风险是客观存在的，而在具备现实条件的情况下，将很有可能造成医院经济效益的严重损失，甚至造成不可挽回的后果。由于主观因素和客观因素的存在，审计人员不可能精确的预测审计风险的存在范围或存在深度及广度，因此，审计风险的存在及审计风险可能造成的损失都具有不确定性。医院审计风险具有多样性，医疗卫生事业的各项经济活动管理中可能都存在着审计风险，审计主体可以通过不断的经验总结以及技术和方法的改进等主观的努力，探讨医院审计工作中审计风险的规律，从而有针对性进行医院审计工作，降低医院审计工作中的审计风险。关于医院审计风险的控制具体措施表述如下：
1.1 建立健全的医院审计工作制度，保障审计工作的客观公正。
建立健全的医院审计工作制度，合理设置审计工作人员，尽量保证审计人员能够处于审计工作中经济活动环境之外，保障医院审计工作的权威性以及审计工作的客观准确性。对于医院审计中不同的审计项目，审计人员要具备财务、经济以及法律等专业知识，从而满足不同审计项目所提出的要求，通过掌握医院财务制度、相关法律法规以及审计工作中各种业务，全方位的监督医院的各项经济活动管理，从而提高医院审计工作的质量，最大限度的发挥医院资金的效益，降低医院审计风险[6]。
1.2 加强医院审计工作的监督，降低医院审计风险。
医院审计工作的监督是医疗卫生事业发展的重要保障。要加强医院审计工作的监督，相关领导要重视医院审计工作，而不单停留在审计工作的形式上，并建立科学合理的审计工作的监督制度，从而使医院审计工作能切实高效的展开，保障医院审计风险的最小化。医院审计工作的监督也是国有资产保值增值的要求，医院卫生事业要注重国有资产的监督管理机构依法实施的监管管理，保证医疗卫生事业在生产经营管理中国有资产的保值和增值。
1.3 建立医院审计工作质量考评制度，保证医院审计工作的质量。
医疗卫生事业单位要建立健全的审计质量考评体系，并且严格把关审计质量考评制度的执行。医院审计工作质量要从定量和定性两个方面进行考评，其中定量考评内容包括审计工作的覆盖率、审计计划的完成率以及医院审计工作中出现的不良违规违纪行为发生率和审计处理完成率等内容[7]。定性考评内容包括审计人员的素质评价、审计人员业务水平能力以及审计工作管理的健全有效情况和审计工作检查出的各种问题等内容。医院审计工作质量考评制度的建立，能将医院审计工作中各项指标有效的结合起来，得到较为客观准确的审计工作结论，并且能通过过去及现在的审计工作结果的分析，预测医院未来审计工作情况，为审计工作的有效开展提出重要的科学依据，从而降低医院审计工作中的审计风险。
1.4 改善传统医院审计方式，开发实用高效的医院审计软件。
传统的医院审计方式已经不适应当今科技信息化的时代，医院审计人员要利用更多的时间和精力熟悉HIS 审计系统的功能，从而使医院审计工作能实现安全合法，此外，审计人员除加强使用HIS审计系统外，还应积极参与HIS审计系统的设计、调试、检查以及验收，并根据医院审计工作的前后审计，及早发现审计问题，提出有效的改善意见，从而降低医院审计风险的发生率。医院审计人员在积极开发审计系统及对HIS功能审计的同时，还可以投入使用专业的审计软件，提高医院审计人员的工作效率，并保障医院审计工作的独立性。
1.5 加强审计工作人员的素质修养，提高审计人员专业审计能力。
影响医院审计工作质量很大程度都是由于审计工作人员专业技能素质及职业道德素质修养低下，进而增高医院审计工作中的审计风险。审计人员要加强政治思想教育、科学文化知识以及专业技能的培训，从而提高审计工作人员等的素质修养和审计人员专业审计能力。在医院审计队伍的建设中，尽量选择政治思想素质较高、业务水平较强以及审计工作作风较好的审计人员，影响整个审计队伍朝着好的方向进展，并且能切实解决审计工作中出现的各种问题，提高审计队伍的质量。
1.6 加强医院审计工作与外审的结合，降低审计风险。
在医院审计工作中，审计人员对于涉及医学专业知识，需要作出专业判断，审计工作超过自身审计能力范围外或者审计工作需要得到权威机构认证时，审计人员可以结合审计方面的专家或委托审计中介机构进行综合审计，通过加强医院审计工作与外审的结合，从而解决审计过程中遇见的问题，降低医院审计工作中审计风险，科学合理的完成医院审计工作。
