(1)内部审计机构的独立性相对薄弱。
独立性是审计工作的灵魂，但内审机构具有很强的依附性，它是企业自设的一个职能部门，是在本单位主要负责人的直接领导下开展工作，其人员配置、职务升迁、工作地位及经济待遇等都由本单位领导决定，不论是经济上还是机构上都不存在实际意义的独立，局限了内审机构做出客观、公正的评价。
(2)企业制度不健全或执行不到位。
有些企业在市场竞争过程中，往往追逐利益最大化，忽视了企业文化或制度的建立和完善，内审工作无章可循，以致沦落形同虚设的地步。有些企业虽条例分明，但仍实行“一言堂”，对审计工作不重视，甚至有抵触情绪，内审工作只是做样子，难于撼动领导权威，导致执行效果不佳。
(3)内部审计人员自身业务素质影响。
审计人员的能力和经验有一定的局限性，担任内部审计人员的资质无从考量，因此从主观上不可能发现企业所有的错弊与过失。另外，审计人员的工作责任心和职业关注状况也不尽相同，审计活动是一种审查、检验的工作，需要有观察入微的细心和孜孜不倦的耐心。因此，并不是人人能达到审计工作的要求，这也不可避免地限制审计工作的开展，影响审计工作质量。
(4)审计方法本身隐含审计风险。
一是内部审计过分依赖企业内部控制制度的测试，内控系统的建立虽然可以减少经济活动中的错弊，但其本身固有的局限性，从而导致内审人员产生审计风险。二是审计人员多采用统计抽样方法处理会计资料，虽然可以提高审计效率，但由于取证方法不同，加之样本与总体之间存在差异，使得审计结果与客观事实必然有一定的差距，由此也会带来审计风险。
