经济责任审计本身具有一定的特殊性，即审计对象并非是单位而是担任一定领导职务的人。相比较于其他单位(项目)的审计，经济责任审计的要求更高，难度也更大，与之相对应的其审计风险也就更大。
经济责任审计风险主要存在以下几个方面：一是先任命后审计、先离任后审计带来的风险。虽然《党政主要领导干部和国有企业领导人员经济责任审计规定》中明确了领导干部任期届满或者任期内办理晋升、转任、辞职、退休等事项前应接受任期经济责任审计，但在实际中仍然不断有先任命后审计、先离任后审计的现象。前者使审计成果的利用出现了滞后，难以发挥审计工作应有的效果;后者则容易出现新上任的领导干部对审计结果不承认、不接受，使审计结果难以落实，增加了经济责任审计的风险。二是财务资料不真实带来的风险。经济责任审计需要检查审查大量经济指标完成情况、财政资金活动记录等数据，如果财务资料和会计信息本身存在虚假，则会给审计人员造成评价和判断上的错误。三是审计评价失真带来的风险。经济责任审计的最终目的是对领导干部经济责任作出一个真实、全面、深入的审计评价。但目前由于审计指标体系不完善、部分审计过程的实施不够严谨、有的审计评价撰写水平不高等因素，使一部分审计评价失真从而造成一定后果，增加了审计风险。四是审计人员自身素质带来的风险。审计是一项非常严谨、复杂的工作，对审计人员自身素质要求非常严格。如果审计人员业务水平不足，职业道德缺乏，不仅无法选择正确的审计手段，也容易造成审计人员自身的违规现象，严重制约和影响着审计工作质量。
