审计工作面临很大风险是业界长久以来的一个共识，但高校领域内所隐藏的风险还没有得到相关人员的足够重视。高校内部审计活动一般以校长为中心，对学校财政开支是不是合法进行有效的审查和监控。它的目的主要是为了保证学校管理工作的正常开展，杜绝不必要的开支，保护学校的经济财产。
(一)高校内部审计风险产生的原因
引发高校内部审计风险的因素有很多，其重点可归纳为以下四部分：
1.资金来源的多元化
高校在我国是一种特殊的单位，每年要接受国家财政的支持，自身也可以通过多种渠道增加学校的收入。由于科学技术在经济发展中的重要性越来越突出，越来越多的企业选择和高校联合进行科学研究，这样高校就有机会将自身的科研设备和人才资源转换成收入;各类委培学费、全日制在校生缴纳的学费也是一项数量庞大的收入，多元化的资金来源成为了内部审计风险的首要原因。
2.机构设置的多元化
伴随着社会对人才素质要求的不断提高，综合性大学蓬勃发展，院系数量的增加使高校的内部管理不断分化，各院系都有独立的管理系统和财政系统，这就导致各院系在财政开支上有了一定的自主权。这种管理系统多元化的发展趋势，在无形中增加了学校内部审计工作的复杂性，内部审计工作者很难在工作过程中照顾到每个方面，因此可能会产生更多的漏洞和误判。
3.高校内部审计控制制度不完善
高校从性质上来说属于事业单位，虽然一直进行改革，但是其在计划经济时期造成的隐患依然存在。高校负责人大都把学校工作的重心放在了教学和学生管理上，对高校内部的财务监控制度不够重视，这就导致目前我国高校内部管理制度不完善，内部控制力量单薄，对经济活动中出现的各种作弊和违法现象无法进行有效控制，这在无形之中会削弱内部审计的威慑力，增加内部审计风险发生的可能性。
4.信息化的工作环境带来的审计风险
几乎所有高校都快速实现了会计数据存储的电子化，随之而来的是会计工作形式的深刻变化，数据的生成和传递方式不断更新。计算机软、硬件技术的快速升级换代使得内部控制制度难以完全监控会计工作的全过程。传统的会计工作环境中，利用财务数据的勾稽关系审计人员便能及时找到账目中的修改线索和痕迹，快速判断数据的真实性;而在电算化和网络化的环境中，安全管理措施难以快速跟进，缺乏特定的安全管理人员，无法实行会计数据的实时监控，不能有效地防范审计风险。
(二)高校内部审计风险的特点
1.审计范围的广泛性
与传统的高校内部审计工作相比，现代的高校内部审计工作任务已经愈来愈综合与复杂，其不再是仅仅为学校日常教学活动的财务收支提供服务和监督，固定资产的管理使用、物资仪器设备的采购、科研经费的管理、学校设施的建设和维护等多种复杂的财务活动逐渐成为了审计的主要工作对象。
2.风险的潜伏性
高校的事业单位性质决定了其对直接的经济活动少有参与，因而很难找到高校内部审计结果与经济损失直接的关系，而事实上高校的审计依然与高校的经济活动有密切关联，例如，很多高校都会根据审计结果决定对领导干部的任用与选拔，这样就会直接影响到高校某个部门甚至是整个学校的发展。
3.风险的可预见性
高校的内部审计风险主要包括以下三种：(1)固有风险，该风险是独立于内部审计而单独存在的，在假设被审计单位无任何内部控制的情况下，某个账户或者交易类别自身或者与其他账户或者交易类别同时出现错报或者漏报的可能性。(2)控制风险，是指高校内部有一定的控制作用，但是并没有预防或者遏制住发生错误或漏报的情况。这种风险水平依赖组织本身的控制能力，审计人员不会影响到风险水平，它属于内部审计中的风险情况。(3)检查风险，虽然遵循了审计程序，但是由于审计人员工作的失误，并没有检查出会计报表中隐藏的重大错误或漏报情况，失误是这种风险产生的主要原因。
实际上，固有风险和控制风险都与被审计单位的外部工作环境有密切联系，单凭己力，高校审计人员是不能改变固有风险和控制风险的，但是高校内部可以通过加强内部控制、提供专业技能、丰富审计人员的经验，来有效降低高校的审计风险，使检查风险降低到可接受的范围之内。
