新《审计法》，对审计主体和审计客体双方在审计法律关系中各自拥有的权利和义务做了进一步明确;被审计单位及其有关人员、被审计单位的上级机关、监察机关，以及有关主管部门等的法律责任做了进一步明确;在强调国家审计权威性的同时，也充分保障审计客体合法权益。
第四十三条增加规定：被审计单位“提供的资料不真实、不完整的”，同样由审计机关责令改正、追究责任;第四十四条增加规定：被审计单位的“转移、隐匿所持有的违反国家规定取得的资产”行为，也属于违反本法规定的行为;被审计单位违反本法规定，审计机关对有关人员依法提出给予处分的建议，被审计单位或者上级机关、监察机关不仅要依法及时作出决定，而且还要“将结果书面通知审计机关”。 与原《审计法》相比，第四十五条、第四十六条规定：对政府部门和下级人民政府违反预算的行为或者其他违反国家规定的财政收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门所依法采取的处理措施更加明确而具体，而且处理措施与对被审计单位违反国家规定的财务收支行为所采取的处理措施一样;处理措施条目化，并新增 “责令按照国家统一的会计制度的有关规定进行处理”的措施。 新增第四十七条规定：“审计机关在法定职权范围内作出的审计决定，被审计单位应当执行。审计机关依法责令被审计单位上缴应当上缴的款项，被审计单位拒不执行的，审计机关应当通报有关主管部门，有关主管部门应当依照有关法律、行政法规的规定予以扣缴或者采取其他处理措施，并将结果书面通知审计机关。”第四十九条新增规定：被审计单位的财政收支、财务收支违反国家规定，审计机关对有关人员依法提出给予处分的建议，被审计单位或者上级机关、监察机关不仅要依法及时作出决定，而且还要“将结果书面通知审计机关”。这样，被审计单位的义务、审计机关的权利、被审计单位及其有关人员、被审计单位的上级机关、监察机关、人民政府，以及有关主管部门法律责任等得到了更加充实而明确。
新增第四十八条规定：“被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。”这就是说，新《审计法》，对审计机关作出的有关财政收支的审计决定和有关财务收支的审计决定，设定了不同的救济途径。被审计单位对有关财务收支审计决定不服时，既可以申请行政复议，也可以提起行政诉讼;被审计单位对有关财政收支审计决定不服时，应采取政府裁决这一特殊的救济途径。为被审计单位对有关财政收支审计决定不服设置特殊的救济途径，既可以避免出现国家机关之间对簿公堂尴尬局面，也可以在一定程度上节约司法资源。这样的修订，在强调国家审计权威性的同时，充分保障了审计客体合法权益;这样的修订，充分彰显出法律的服务性和人性化。
第五十二条增加规定：审计人员“泄露所知悉的国家秘密、商业秘密的”，依法给予处分、追究刑事责任。这是对审计人员职业道德提出的最重要、最起码的要求，也是保障包括被审计单位在内的社会公众的合法权益的需求。
