《审计署2003年至2007年审计工作发展规划》将积极开展绩效审计，促进提高财政资金的管理水平和使用效益作为今后审计工作的主要任务之一，制定了到2007年投入绩效审计力量占整体审计力量一半左右的工作目标。并明确提出，审计应由收支审计并重向以支出审计为主转变，其支出的效率、效益、效果如何不但关系到公共财政制度的建立，也必然是各级审计机关开展绩效审计的重要内容。
政府作为受托方对公共资源进行管理和经营，由于存在损失浪费和低效益现象，作为公共资源的所有者在公众要求提高公共资金使用效益的呼声下，效益审计随之产生。随着我国市场经济的完善和公共财政框架的建立，“决算有考评”的财政支出管理制度更关注事情办理得怎么样，另外财政管理体制越来越规范，财政财务收支问题日益减少，探索绩效审计已成为必然。下面就政府部门专项资金绩效审计的方面谈几点看法：
一、营造良好的审计环境
首先，要保证国家审计机关超然独立的审计地位。政府部门专项资金是公共资金的重要组成部分，对此开展绩效审计是对政府宏观经济调控能力、管理水平的深层次监督与评价。因此，需要在管理层次、执法环境等方面保证国家审计的超然独立的审计地位。
其次，要尽快建立和完善与绩效审计相关的法律、法规。依法审计是法制化国家审计工作的基本原则，专项资金的绩效审计与传统的财务收支审计最大的区别在于审计工作的前移，从立项前的项目讨论开始，直到项目竣工和运行维护，是事前、事中、事后的动态审计监督与评价。
第三，整顿和规范经济秩序、规范会计核算工作是开展政府部门专项资金绩效审计的基础条件，也是保证被审计单位会计资料的真实、合法、完整的前提。因此，绩效审计的评价必须建立在进行分析、评价所采集数据的真实可靠的基础上，否则将无从做起。
第四，要保证审计的知情权和参与权。专项资金的使用涉及到众多部门，在专项资金的审计中，审计部门要与各部门密切配合。加强审计工作信息的交流和沟通，在计划预算的编制、审批和下达，建设项目的招投标，重大经济合同的签订和履行，经济决策过程和管理活动的实施方面，要保证审计的知情权和参与权；在各项工作的制度制定和运行过程中要给审计部门行使职能提供必要条件，留有履行审计程序的空间，尊重审计规律，重视审计意见与建议。
二、建立绩效审计分析、评价指标和评价体系
审计监督的最终目的是为社会经济的有序发展服务，审计的服务是通过实施审计监督来实现的。由于专项资金投入的政策性强，项目拨入的效益相对低，考核和分析的指标相对复杂，政府部门专项资金的绩效审计需要建立起经济效益、社会效益、环境效益的指标体系和必要的审计分析评价体系。
（一）政府部门专项资金绩效审计评价原则
1、客观性原则。在审计评价政府部门专项资金投资效益的过程中必须坚持实事求是、客观公正的态度，从审计中实际调查和收集的统计资料出发，依据客观标准，对有关具体的政府部门专项资金投资项目进行客观的评价和估算，确保评价结果的公平、准确。
2、全面性原则。由于政府部门专项资金投资涉及社会各阶层的利益，对其进行评价必须坚持全面性原则。因此，对政府部门专项资金绩效要进行全面考察，包括短期效益和长期效益、直接效益和间接效益、有形效益和无形效益、经济效益和结构效益等等。
3、前后对比和有无对比原则。前后对比是将政府部门专项资金投资项目实施前与项目完成后的情况加以对比，以确定投资效益。审计过程中需要对投资前和实施后的相关因素是否发生变化进行对比，确定投资目标是否实现的程度，有无对比是将政府部门专项资金投资项目实际发生的情况与若不投资该项目可能发生的情况进行对比，以衡量投资的真实效益、影响和作用。对比中要关注的重点是分清项目作用的影响和项目作用以外的影响。
4、定性描述与定量计算相结合的原则。在审计评价过程中，有些专项资金投资的执行效果是可以通过某些假设、权重和一定参数，用一定的计算公式，经数量演算得出定量计算的结果来衡量的，如经济效益状况；有些则不能用定量计算的结果来进行衡量，如项目实施对生态环境的影响、民众的满意程度等，只能进行定性描述。一些对国民经济和社会发展具有重大推动作用的投资，由于投资数额巨大、投资时间和运行周期长，效益发挥具有明显的滞后性；还有些专项资金投资的直接经济效益不明显，但外溢效益即社会和生态效益又比较明显。因此，单纯使用定量计算或者定性描述对政府部门专项资金投资绩效进行分析评价，都会使评价结果不能全面、准确反映投资效果的真实情况，影响审计结果的客观性、公正性。因此，定性描述与定量计算是政府部门专项资金绩效审计分析评价中不可缺少的工具，二者的结合是政府部门专项资金绩效审计分析评价应坚持的原则。
5、通过标准与专用标准结合原则。通用标准是不同行业、不同类型政府部门专项资金投资使用、投资效率和实施效果进行整体评价和横向对比分析。专用标准则是在通用标准之外设置的，针对不同行业，不同类型政府部门专项资金投资中不同项目特点而制定的标准，在审计评价时，既要利用通用标准对投资效果进行整体评价和横向对比分析，也要根据不同类型、不同行业的特点，利用专用标准对投资效果进行个别评价和纵向对比分析。
（二）政府部门专项资金绩效审计的分析评价内容
借鉴西方国家有关公共投资后评价的实践经验，我国政府部门专项资金绩效审计分析评价主要应包括以下四个方面的内容：
1、过程评价，亦称立项决策评价。主要对政府部门专项资金投资项目运营情况分析，评价项目决策的合理性。具体要对项目建议书可行性研究报告和项目前评价主要采取对比分析法，即将项目可行性研究结果与项目实际运营结果相比较，以找出变化及其原因。
2、经济效益评价。经济效益评价主要是对政府部门专项资金投资项目进行盈利能力和清偿能力分析，在进行效益评价时，其主要方法为定量分析法。
3、社会影响评价。主要是对政府部门专项资金投资项目在社会经济、发展等方面有形、无形效益和结果的一种评价。重点评价投资项目对所在地区、行业经济发展和项目周边自然环境、自然资源的影响，以及对分配、就业、参与、民族、脱贫等社会环境的影响等。其评价方法一般采用定性分析法。[page]
4、持续性评价。即评价政府部门专项资金投资项目完成后，项目所规定的目标是否可以继续，项目是否可以持续发挥作用等，主要包括分析政府政策、管理、生态环境及外部政治经济环境等，其评价方法主要为定性分析法。
三、整合审计资源、发挥审计的整体效能
开展政府部门专项资金审计，首先要借鉴国外成功的审计理念和经验，整合审计资源，对具体审计项目采取请进来，走出去的方法，不断提高审计质量。其次，要合理搭配审计力量，在提高审计人员知识层次的同时拓宽其相关知识面，逐步改变以会计专业为主的审计人员队伍结构。第三，加强审计业务培训，提高审计人员素质。我们提出建立“学习型审计机关”的目标，制定实施审计人员教育培训三年规划，把审计业务学习和培训列入每年度审计工作计划，从经费和时间等方面鼓励审计人员成为即懂审计又精通法律、经济、工程技术知识的复合型人才，审计人员的知识结构和业务能力尽快适应绩效审计的要求。
总之，目前只是对财政资金绩效审计的初步探索和实践，尚没有真正形成有效的开展财政绩效审计的模式和规范。尤其是审计署提出五年审计工作发展规划后，对绩效审计提出了明确的更高的要求，各级审计机关如何做好这项工作，确实应在理论和实践两个层面有所研究和突破，以指导绩效审计工作。
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