韩国监查院由包括院长在内的５至１１人组成监察委员会，对重大问题实行合议制议决。院长既代表监查院，也是监察委员会议长（主席）。监察委员会议决的事项包括对预决算的审计、对造成的经济损失承担赔偿责任的认定、对有关责任人的惩处、对经审计监察发现的问题提出改正和劝告性意见等。监察委员会有权对国务总理、各部长官（部长）的工作失误提出改正和改善的要求，对涉嫌犯罪的移交检察机关处理。
监查院下设若干主管局，分别主管财政金融、产业环保、建设物流、社会福利、行政安全。此外，监查院还设有负责国家重点项目审计的国家战略事业评价团、监督地方政府的自治行政局和对特殊问题进行调查监督的特别调查局。监查院两大核心任务之一的财会监督由第一局承担，而另一核心任务即对行政安全的监察则由第五局处理。第五局没有特定审计对象，凡是其认为有必要审计的单位和个人，均可采取审计措施。其审计方法分为单位自查、直接审计和重点审计。上世纪９０年代，震惊韩国的“栗谷”军火采购丑闻的揭露便是监查院第五局的功劳。
