审计署2008年至2010年审计工作发展规划提出要着力构建符合我国国情的资源环境审计模式，2012年初步建立起资源环境审计评价体系。针对新形势、新任务，如何因地制宜、勇于创新、大胆实践、积极探索开展区域性资源环境审计工作，既服务当地经济又好又快发展，又能为资源环境审计在全国的全面系统开展积累有益的经验，日益成为基层审计机关当前和今后一段时期面临的全新挑战。
一、资源环境审计的主要方法
(一)传统审计方法
一般将传统审计方法归纳为七大类：检查、监盘、观察、查询、函证、计算和分析性复核。随着审计技术的发展，一些新方法得到使用，新审计准则对审计方法进行了新的归纳，列举了八大类方法：检查记录或文件、检查有形资产、观察、询问、函证、重新计算、重新执行、分析程序。较之以前的方法内涵更加丰富，描述更加准确。其中几类审计方法对资源审计来说仍是必须和有效的。
检查记录和文件。这是最传统的审计方法，在对资源开发利用、环境治理保护资金的筹集、管理、使用，特别是资金的流向审计，以及资源环境保护法规、制度的建立、健全性审计，还是有关资源环境开发、保护的决策情况审计，必须采用这种方法对有关账册、法规、文件、纪录进行查阅。
检查有形资产。它与原来的“监盘”有着不同的内涵，它不仅要检查实物资产的数量，更要检查其存在状态。资源环境审计中，检查有形资产主要是检查用于开发、保护资源环境的各种设施、设备数量上是否满足要求、运转是否良好。
观察。就是现场观察资源环境状况是否良好，采取的有关措施、手段是否产生了效果，以及被审计单位从事资源环境工作的人员的业务活动或执行的程序是否符合相关规定。
询问。资源环境审计中应特别重视这一方法，主要采取调查问卷和座谈询问的方式。比如对环境保护情况的调查，向长期生活在该区域内的有关人员进行问卷或座谈了解，结果可能更真实、真切。
重新执行。资源环境审计中，这一方法有重要作用，就是将有关资源环境保护的方法、措施，由审计人员(专业人员)再执行，对结果进行再检验。比如在对水环境质量进行审计中，不能只依赖环保部门提供的数据，应由审计人员现场取样后，在第三方重新执行检测程序，以查证水体质量。
分析程序。信息技术已在资源环境领域普遍使用，有关部门的业务数据库都能提供资金结算、能源消费、环保统计、在线监测等数据，审计人员可以研究各种数据之间，特别是财务数据与非财务数据之间的内在关系，进而对资源环境开发和保护情况作出评价。这一方法还包括调查识别出的、与其他相关信息不一致或与预期数据严重偏离的波动和关系。
(二)新的审计方法
传统审计方法在资源环境审计取证方面是适用的，但由于资源环境审计的特殊性，其在审计分析方面则存在一定的局限性，因此资源环境审计必须探索一些新的审计分析方法，目前主要应推广以下方法：
机会成本法。环境资源的开发利用和保护相当于对多种互斥的方案的选择，资源有限性决定了选择一种形式就要放弃其他形式，放弃方案中的最大经济效益为所选方案的机会成本。适用于因水资源短缺、废弃物占地等原因造成的经济损失计量。
资产价值法。环境条件的差别可以通过地价或宅价反映，据此推算环境资源的价值。常用回归分析法计算、测定环境条件对地价的贡献度，该贡献度可视为环境资源价值。该法适用于宅地周边的森林、草坪等绿色效益的计量。
人力资本法。专门用于评估计量环境污染影响人体健康的经济损失，该法将环境污染引起的人体健康损失分为医疗费、丧葬费等直接经济损失和护理费等间接经济损失。适用于对人身危害重大的重污染企业环境污染的计量。
恢复费用法。环境资源被破坏，改善的效益较难评价。可以估计恢复或防护一种资源不受污染所需的最低费用。就是恢复费用法。适用于消烟除尘、污水处理等治理费用的计量。
防护费用法。消除和减少环境污染的有害影响所愿意承担的费用来衡量环境污染的损失。适用于出现了噪音污染。需要安装消音或隔音装置。
调查评价法。咨询专家或环境利用者，当环境物品的供给数量或质量发生变化时。人们愿意支付或接受补偿的金额，按调查结果，评价环境资源损失价值或保护措施效益。可运用于评价如洪水对农田、水利设施等造成的经济损失。
决策和风险分析法。一般来说资源环境开发和保护的措施或方案是多选择性的。并且部分资源环境项目难以用年度去体现，有的项目可当年完成，而有的却要跨年度甚至多年度才能完成;有的当时对资源环境没有影响或影响不大，而有的在几年后产生影响或有着长期影响。如何正确评价、预测项目的成本和效果是个难题。使用决策和风险分析法可以较科学的解决这个问题。
在线监测法。资源环境领域的监测网络目前正在完善之中，如卫星遥感数据接收系统、GPS全球定位系统、空气监测系统、排污监测系统、GJS地理信息系统等。资源环境审计应大胆利用这些在线监测设备和系统，审计期间进行定期和不定期的在线监测。目前在部分资源环境审计项目中已使用这一方法，如耕地保护情况、防护林保护工程审计中，审计人员尝试利用GPS系统进行了查证。取得了较好的效果。
总之。资源环境审计的方法没有一定之规，任何学科的技术方法都有可能使用。以上只是探讨了一些较常用的方法，只有审计人员不断探索总结，才能使资源环境审计方法趋于完善。
二、审计人员应对资源环境审计新方法的措施
资源环境审计的特有方法体现了其专业性和高科技性，难度和广度对审计人员的素质提出了挑战。目前现有审计人员绝大部分是财会、审计专业或经济类专业毕业的人员，未全面涉及过资源环境审计。缺乏专业资源环境审计人员是当前资源环境审计亟须解决的问题。因此，一是要长远规划，培养专业资源环境审计人员。针对我国资源环境审计的现实。必须加强现有审计人员培训力度，引进熟悉资源环保知识、环保技术的专门人才，充实审计队伍，为搞好环境审计工作打下人才基础。同时要及时总结资源环境审计的经验，逐步建立起资源环境审计的理论框架、作业规则与报告标准，使资源环境审计工作逐步规范化、制度化，为资源环境审计打好理论基础。二是建立专家储备制度，实现与专业机构、专业部门的合作联动。利用他们的熟悉专业技术知识和法律知识的优势，提高资源环境审计的质量。三是探索与其他审计的有机结合，如与经济责任审计结合，可以更全面的对干部任职期间的职能履行情况进行评价;与投资审计结合，可以借投资审计的一些方法、技术，分析项目的经济、社会效益及增值性，还可以测试估量项目对资源环境的影响。
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