在行政事业单位中发现大案要案线索既是一项重要意义的工作，也是一项艰巨的工作。要求高，难度大，有风险。因此，我们在审计中要注意把握好以下几个关键环节：
一、在监督对象上要突出三个重点的审计。由于行政事业单位政治地位高，具有制定政策和行政管理执法权，其权利行使结果的好坏，对构建和谐社会具有政治经济意义。作为政府综合监督的审计机关在行政事业审计中要做到突出三个重点：一是要突出对执法执纪单位的审计。主要是抓好司法机关、行政事业单位中具有行政处罚权、行政收费权以及与人民群众关系密切部门的审计。通过审计要发现和纠正行政事业单位中有法不依、违法不究的问题，推动依法治国方略的落实。二是要突出对重点资金和专项资金的审计。当前，交通建设资金、城市建设资金、扶贫资金中问题较多，通过审计要发现和纠正挤占挪用专项资金的问题，维护国家和社会公共资金的安全和到位。三是要突出对重点问题的审计。当前，财政票据、发票管理、基本建设投资方面的问题较多，通过要加大对行政事业领域里的私存私放财政资金和其他公款、贪污挪用、私分公款、挥霍国家资财等重大问题以及涉及案件有关人员责任追究，打击和震慑行政事业领域里的违法犯罪活动，维护财政经济秩序。
二、在监督内容上做到五个必审.一是对单位的家底情况必审。当前，大多数行政事业单位会计基础薄弱，财经管理制度落实不够严格，银行开户乱，财产物资管理混乱及债权债务不清的情况较为普遍。因此，我们在审计中就需要对症下药，从账户审计入手，抓住财务活动的源头，通过摸清单位资产负债和家底发现问题。二是对重点资金、专项资金的往来情况必审。当前，人员严重超编，财政拨款不足，挤占挪用专项资金，重点建设项目资金情况较为严重，甚至存在私分财政资金和其他公款的情况。对此，我们需要对专项资金的使用和分配、专项资金的拨付与机关经费的联系、上下级单位的资金往来等情况加强审计，以发现大案要案线索。如，我们发现某部门工作人员挪用巨额公款炒股的问题。三是对罚款和收费情况必审。一段时期里，国家对行政机关、司法机关收（罚）分离，收支两条线的规定在许多单位没有落实到位，究其原因，除财政拨款不足外，一个很重要的原因就是罚款与收费与这些部门、单位甚至个人的利益挂钩。他们采取收入不上交、不入账、设置小金库的形式，以逃避财政、审计部门的监督，为单位和个人谋取利益。如我们发现某部门利用建设前期费的名义收取资金100多万元私设小金库，大部分资金已被挪用和私分。四是对房子、车子和发放票子的情况必审。行政事业单位建房子、购车子和发放票子的情况在单位和社会上都是敏感问题，其中容易查出腐败。如，我们在审计某司法机关时，发现该单位主要负责人乘坐的是一辆进口豪华轿车价值40多万元，但是在该单位财务账上没有购车的相关记录。通过追查发现该单位还有一栋旧办公楼出租给私人老板做饭店，这辆车子是饭店上交房子租金，另外发现与此相关的小金库.五是对核销的财政票据、税务发票的真实性等财经纪律执行情况必审。当前，行政事业单位内控制度薄弱，财务管理混乱现象还较为普遍，特别是有些个人假公济私、浑水摸鱼。他们利用发票审核把关不严钻空子侵吞国家资财。如，我们发现某单位负责人通过多开购电梯发票金额，多付款给买方，然后在索取贿款15万元的问题，有的财务人员利用涂改银行对账单贪污公款利息，有的利用改写发票头大尾小，将2万元改写为20万元，贪污公款。有的直接在发票上做文章，通过与供货商勾结，通过虚假事项开据汽油发票套取现金6万元，达到私分公款的目的。
三、在检查方法上做到五个核对.一是对单位内控制度的建立与落实情况进行核对。通过测试取得第一手情况，做到心中有数，确定重点，寻找经济案件线索的突破口。二是坚持突击盘库与会计出纳账核对。现金、银行存款、有价证券、财产物资的突击盘点时发现经济案件线索有效方法，但是，必须要与检查会计与出纳账核对结合起来。三是坚持会计总账、明细账等资金账簿与财产账簿核对。四是坚持会计凭证与报销的原始凭证等收费和罚款票据核对，是发现支出和收入方面舞弊行为的杀手锏.五是坚持单位总账与分管职能部门内部处室包包账、二级单位的往来账相核对。几年来，我们通过上述方法共查处了7起重大经济案件，其中5人受到刑事处理，3人受到行政处理。
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