替代审计程序是指原来(计划阶段)确定的程序无法执行，注册会计师为了实现同一审计目标，必须执行另外一项程序，比如因为客观原因(天气变化)，注册会计师无法执行监盘程序，就应当执行替代程序，包括检查有关存货的收发凭单等原始凭证，虽然这一程序在效果上不如直接监盘好，也应当执行;
或者原来已经执行的程序无法实现既定的审计目标，注册会计师同样应当执行替代审计程序，比如通过执行变量抽样测试发现，推断的总体误差过大，注册会计师不再信赖抽样结果，因此为了实现同一审计目标，注册会计师可能执行更为详细的实质性测试程序。
替代审计程序的目的
实施替代审计程序的目的，是要根据替代检查的结果，判断该笔债权的真实性与可收回性，从而证实其账面余额是否存在、记录是否完整、所有权是否属于本企业，以及该项目在会计报表上的披露是否恰当。
以应收账款的替代审计程序为例，检查和核对销售发票、出库单、运输单据以及经济合同等原始凭证和资料，对于判断该笔债权的真实性是必不可少的程序;而要判断债权的可收回性则比较困难，我们可以从了解客户信誉、账龄分析、业务往来的过程、以往的收回情况以及经济合同的有关条款等方面着手检查。
实施替代审计程序的审计工作底稿不能过于简单。注册会计师可以通过抄录应收账款明细账户的期初余额、期末余额以及抄录本期借方发生额、本期贷方发生额的总数了解和观察该笔债权的全貌，然后通过抽查凭证，检查和核对有关资料，并按照重要性原则选择复印有关原始凭证和资料，留存在工作底稿中。抽查的重点应当放在尚未收回的应收账款上面。
