采用权益法核算时，投资最初以初始投资成本计量，投资企业的初始投资成本与应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，称为股权投资差额。
投资方愿意溢价购买股权，表明其基于对企业预期现金流量的判断而认可的企业的价值是高于账面价值的，这个差额可能是由于被投资单位按照公允价值计算的所有者权益高于帐面价值，也可能是被投资单位存在未入帐的商誉。
对股权投资差额的处理，我国规定应按一定的期限平均摊销，计入损益。股权投资差额的摊销期限，合同规定了投资期限的，按投资期限摊销。合同没有规定投资期限的，初始投资成本超过应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，按不超过10年的期限摊销；初始投资成本低于应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，则为负商誉，会计上也可看作是一项递延收入，这时，则需要引用谨慎原则，在不低于10年的时间内摊销。摊销金额计入当期的投资收益，这样处理的意义在于将投资溢价（或折价）逐期摊销，使得最终的“长期股权投资”账户的金额与应占有的被投资单位净资产份额一致。
股权投资差额可以从一个侧面表明企业的购并绩效。购并活动是股权投资的主要形式，也是股权投资差额的交易基础，如果企业对购并目标企业支付过高的溢价，将使投资回收期拖长，拉低投资收益率，并且加大了投资风险。分析的时候，可以采用公式（股权投资差额/长期股权投资）来描述溢价比例，并结合投资收益情况分析长期股权投资的效益性。
