(一)案卷排列
会计档案案卷按如下之一方法排列：
1、按照类别一年度排列。即案卷按凭证、账簿、财务报告、其它四类分开，再按时间顺序排列。这种排列方法适用于一般单位，应优先推荐。
2、按照年度一类别排列。即先将不同年度的会计档案分开，同一年度的会计档案按凭证-账簿-财务报告其他顺序排列。由于凭证、账簿、报表外形尺寸不同，这种排列方法易造成柜架浪费。补救的方法是全部使用同一规格的卷盒，一盒中可装若干凭证、账簿、报表，但应注意盒脊上填写若干个案卷号。
3、会计类型单一，档案数量较多的单位，可采用先按保管期限，再年度，然后再按形式(名称)的方法排列。
4、财政部门的会计档案，先按保管期限，再按年度，然后按组织机构，最后按形式(名称)排列。会计类型较多的建设银行、税务机关等单位，可采用先按保管期限，再按年度，然后按会计类型，最后按形式(名称)的方法排列。
会计档案排列方法很多，各有利弊，各单位应选择适合本单位的排列方法，要注意方便适用，选定后不要随意变动。
(二)编案卷号
1、编大流水号。一般的单位应编大流水号。即凭证、账簿、财务报告分别编各年度累计的大流水号。如2002年有12本凭证编1-12号;2003年从13号开始编号。
2、编小流水号。会计档案特别多的单位，可编小流水号。即同一年度同一类型的会计档案案卷都从1开始编卷号。如2002年有12本凭证，编1-12号，2003年又从1号开始编号。
