排污许可证制度以改善环境质量为目标，以污染物总量控制为基础，规定排污单位许可排放什么污染物，许可污染物排放量，许可污染物排放去向等，是一项具有法律含义的行政管理制度。
排污申报登记制度是环境行政管理的一项特别制度。凡是排放污染物的单位，须按规定向环境保护行政主管部门申报登记所拥有的污染物排放设施，污染物处理设施和正常作业条件下排放污染物的种类、数量和浓度。
排污申报登记制度是实行排污许可证制度的基础，排污许可证是对排污者排污的定量化。排污申报登记制度的实施具有普遍性，要求每个排污单位均应申报登记。排污许可证制度则不同，只对重点区域、重点污染源单位的主要污染物排放实行定量化管理。
一、实行的必要性和目的
(1)是实施排污总量控制的需要。
(2)是污染治理与环境质量目标相结合的需要。
(3)是环境管理法制化的需要。
(4)是区域污染治理总费用最小的需要。
二、排污申报登记制度
排污申报登记制度既是一项单独的环境管理行政制度，又是实行排污许可证的基础。国家规定排放大气污染物、水污染物、固体废物均须向环境保护行政主管部门申报登记，实施这一制度的最基本要求有：一是按规定的时间、项目申报;二是申报内容真实。申报内容的真实性是这一制度的灵魂，失去了这一灵魂也就失去这一制度存在的意义。虚假的申报还有可能扰乱环境保护部门的正常管理工作。申报时间上的要求也是重要的。比如，排放污染物的种类或浓度发生重大变化时，如不及时向环境保护部门报告，就不可能采取必要的对策，防止危害的造成。为了保证这一制度的正确实施，法律规定，对于拒报或谎报规定的有关污染物的排放申报登记事项的行为，要追究行政责任，给予警告或处以罚款。
在实行排污申报登记制度时，要弄清其与排污许可证制度的区别，以利于排污申报登记工作的进行。他们的区别有二：
(1)性质不同。
申报登记制度在性质上是环境保护行政主管部门收集和掌握管辖区的污染和治理情况的一种途径，其目的是为当地人民政府和环境保护部门监督提供依据。原则上，排污者均须进行申报登记，具有普遍性。排污许可证是指诽污单位向环境保护行政主管部门申请排污，并经批准领取许可证后进行排污活动。排污许可证在性质上是主管机关对申请排污单位的排污活动是否准允的一种态度、决定，其目的在于控制和约束排污行为。
(2)程序不同。[page]
申报登记制度只是要求排污单位按时地如实地向环境保护部门申报登记所规定的排污方面的事项，只要履行登记手续，环境保护部门不需对申报单位的排污量作出否或可的表示。而排污许可证则要求申请单位向主管机关提出申请，受理机关审查批准，发给许可证，并定期监督检查。
排污申报登记制度和排污许可证制度虽然有以上区别，但也有内在的联系，如两者都要求排污者如实申报登记有关排污情况，两者都能为环境保护主管部门提供有关排污或治理方面的信息。
三、排污许可证制度
1. 实行排污许可证制度的做法
(1)排污申报登记
(2)污染物总量规划分配
(3)审核发证
(4)监督管理
2. 排污许可证工作流程及实施流程
1.确定目标;2.拟订方案;3.组建机构;4.成立领导小组;5.技术组;6.调研工作;7.培训人员印制资料;8.提出总体方案;9.布置工作;10.试点申报;11.收集资料;12.交流信息;13.初表申报;14.填报;15.正表申报;16.试点申报小结 全面申报工作展开;17.建立数据库档案库;18.确定功能;19.确定目标;20.确定污染物总量;21.确定允许进入量;22.确定削减目标;23.确定分配削减比例;24.计算标准状态排放量;25.分配区域削减量;26.研究企业削减方案;27.研究各类方案费用;28.调整分配方案;29.调整目标再循环优化;30.确定执行方案;31.执行分配;32.审核材料;33.初审排污指标;34.协商对话;35.初定方案;36.优化选定;37.审批;38.签发许可证;39.建立制度;40.抽查;41.总结经验;42.修改完善制度;43.完善改进工作;44.准备鉴定;45.排放资料集;46.规划研究;47.治理措施优化;48.环境容量信息;49.论文资料集;50.技术研究报告;51.工作总结报告;52.管理办法;53.建立数据库档案库;54.鉴定。
