限期治理作为我国一项重要的环境法律制度，是环境执法经常使用的手段之一。但在执法实践中，一部分被要求进行限期治理的企业，认为在整顿最后期限来临以前不会有人再来查，因此无所顾忌地生产和超标排污，使得限期治理在某一段时间里成了免罚的代名词。
但是，限期治理既非行政处罚，也非行政强制。从法律属性上看，限期治理是一种特殊的行政命令，即环境保护主管机关依法要求违法行为相对人进行一定的作为(治理污染)。既然如此，我们就能纠正使“限改令”异化为排污“护身符”的错误认识。
如果限期治理属于行政处罚，按照一事不再罚的原则，既然已经对企业进行了一次处罚(责令限期治理)，那么对于企业在治理期间的违法行为就不能再课以罚款等处罚，只能等期限届满后按照法律规定进行处理。但是限期治理并非行政处罚，就不受一事不再罚的限制了。
值得注意的是，《水污染防治法》第七十四条第二款对限期治理进行了新的规定。同《环境保护法》、其他环境保护单行法和修订前的《水污染防治法》有关限期治理的规定相比，《水污染防治法》规定的变化在于：增加了“限期治理期间，由环境保护主管部门责令限制生产、限制排放或者停产整治”的规定。显然，这一规定是针对部分企业利用限期治理前的时间抓紧生产、公开排污的问题而规定的，应该说代表了限期治理制度的发展方向。
其实，即使根据限期治理的法律属性，执法人员也有权在治理期间直接采取罚款、限制排放等措施。
