关于环境污染损害赔偿，“现存的诉讼制度中存在一定问题，一是由于原告资格的限制，使得在中国提起环境民事诉讼并不是一件容易的事;二是在许多情况下，因侵权人不明，受害人无法提起诉讼;三是由于环境侵权的特殊性，诉讼往往是一个漫长而艰难的过程，受害人的权益得不到及时、有效的救济;四是诉讼时效期限长度不够，受害人的利益得不到有效保护。”笔者以为，核心是诉讼时效和被告人的确认问题，故本文仅涉诉讼时效及起诉要件中“明确的被告人”问题，原告的适格问题暂不予探讨。
一、三年时效
我国民法通则第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”环境保护法第四十二条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为三年。”可见，环境污染损害赔偿诉讼的时效为三年。这里的问题就在于诉讼时效“从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算”的规定于受害人不利。如前文所述，环境污染损害有间接性、潜伏性、长期性、遗传性等的特点，直接的和必然的因果关系链在环境污染损害赔偿诉讼中是无法找到的，受害人往往“难以知道”或根本就“不知道”受到的是什么损害。在现代工业化如此发达的社会，受害者在知识方面往往是处于弱势地位，“应当知道”对他们来说大会过于苛刻了。在现时诉讼中，三年诉讼时效的规定是远远不能够保护受害当事人的。三年，往往在人们还不知就里时就早已过去了。诉讼时效是权利人怠于行使权利的持续状态超过法定期间便丧失司法救济权的法律制度，其用意是督促受害人积极行使自己的权利。但是，环境污染损害赔偿诉讼三年的诉讼时效，因损害客观上的特点，决定了受害人主观上再积极也无法有效地保护自己。
二、最长时效
我国民法通则第一百三十七条：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。”环境损害赔偿的最长诉讼时效沿用民法通则二十年的规定，这是一个不可变的除斥期间。
这里的问题首先是，民法通则第一百三十七条将二十年最长诉讼时效期间表述为从知道或者应当知道“权利被侵害”时起计算，而环境保护法第四十二条将环境污染损害赔偿诉讼三年诉讼时效表述为从知道或应当知道“受到污染损害”时起计算，二者的不一致是法律上的不协调。前者着眼于主观认识意义上的法律权利是否受到伤害，后者着眼于客观存在意义上的财产或身体健康是否受到伤害。其次，二十年对于环境污染受害者的求偿来说，第一，本身也不够长，已知的日本富山痛痛病病因自初次发现患者到政府确定历时22年，熊本水俣病的病因确定经过15年，未知的环境污染引发的损害原因的查明，又有谁能保证会比这更乐观一些呢?第二，由于本身的不够长，因而也就不能弥补三年时效短的缺陷。
综上可知，对于环境污染损害赔偿这种比较特殊的侵权来讲，法律规定其适用特殊的诉讼时效规定，即一般是三年，同时也适用最长诉讼时效规定，即为20年。
