凡是对环境有不良影响的各种规划、开发、建设项目、排污设施或经营活动，其建设者或经营者，需要事先提出申请，经主管部门审查批准，颁发许可证后才能从事该项活动，这就是许可证制度。在环境管理中使用的许可证种类繁多，使用最广泛的是排污许可证。
许可证制度是污染控制法律规范的支柱，它有下列优点而在环境管理中发挥重要作用：一是便于把影响环境的各种开发、建设、排污活动，纳入国家统一管理的轨道，把各种影响环境和排污活动严格限制在国家规定的范围内，使国家能够有效地进行环境管理。二是便于主管机关针对不同情况，采取灵活的管理办法，规定具体的限制条件和特殊要求。三是便于主管机关及时掌握各方面的情况，及时制止不当规划、开发，及各种损害环境的活动，及时发现违法者，从而加强国家环境行政主管部门的监督职能的行使，保障法律、法规的有效实施。四是促进企业加强环境管理，进行技术改造和工艺改造，采用无污染、少污染工艺。五是便于群众参与环境管理，特别是对损害环境活动的监督。
我国有关环境保护法律中规定的具体许可制度主要包括：
1．海洋环境保护法规定，向海洋倾倒废弃物，必须向国家海洋行政主管部门提出申请，经批准发给许可证后，方可按许可证规定的期限、条件和指定的区域进行倾倒。
2．水污染防治法规定，直接或者间接向水体排放污染物的企业事业单位，应当按照国务院环境保护部门的规定，向所在地的环境保护部门申报登记拥有的污染物排放设施、处理设施和在正常作业条件下排放污染物的种类、数量和浓度，并提供防治水污染方面的有关技术资料。环境保护部门收到《排污申报登记表》后，经调查核实，对不超过国家和地方规定的污染物排放标准及国家规定的企业事业单位污染物排放总量指标的，发给排污许可证。国务院制定发布的淮河流域水污染防治暂行条例也明确规定，在淮河流域排污总量控制计划确定的重点排污控制区域内的排污单位和重点排污控制区域外的重点排污单位，必须按照国家有关规定申请领取排污许可证，并在排污口安装污水排放计量器。
3．固体废物污染环境防治法对许可制度作了多处规定。（1）转移固体废物出省、自治区、直辖市行政区域贮存、处置的，应当向团体废物移出地的省级人民政府环境保护行政主管部门报告，并经固体废物接受地的省级人民政府环境保护行政主管部门许可。（2）国家禁止进口不能用作原料的固体废物；限制进口可以用作原料的固体废物。确有必要进口固体废物用作原料的，必须经国务院环境保护行政主管部门会同国务院对外经济贸易主管部门审查许可，方可进口。（3）从事收集、贮存、处置危险废物经营活动的单位，必须向县级以上人民政府环境保护行政主管部门申请领取经营许可证。禁止无经营许可证或者不按照经营许可证规定从事危险废物收集、贮存、处置的经营活动。禁止将危险废物提供或者委托给无经营许可证的单位从事收集、贮存、处置的经营活动。
