(一)少年刑事司法机关体系不健全
一是未成年人犯罪法律执行主体不明，职责分工不清，难以形成“齐抓共管”的局面，在实践中容易出现多头管理或相互推诿的现象，各部门各单位各行其道，难以形成合力。在羁押和服刑上，除判决后送少管所服刑的未成年人外，由于基层看守所的监押能力，刑拘、逮捕及余刑不满1年留所服刑的未成年人都处在与成年犯混押的状态，很大程度上增加了犯罪的交叉感染机会，更遑论受到应有的法制及义务教育了。在侦查和公诉阶段，由于处理上缺乏专门机构和专门人员，类同于成年人犯，因此其特殊的合法权益也得不到充分保障，提讯时无法做到其法定代理人到场，公诉共同犯罪案件极少将未成年人分诉处理。在判决以后的帮教、矫正及未成年缓刑犯、假释、保外就医等监管上，法律规定的执法主体公安机关也没有专门机构承担相应职责，而家庭、学校、社会的责任更是模糊。
二是对未成年犯罪人的审判机构设置、案件管辖等，各法院尚未统一。有的在刑事审判庭内设“未成年人犯合议庭”，有的建立独立庭制的“未成年人刑事审判庭”，有的为了向“未成年人法院”过渡，打破行政区划，试行集中制定管辖等，规模、大小、层次、高低不齐。而且在受案范围上同样出现混乱状况。未成年人案件的分案受理制、涉罪案件的综合受理制及保护未成年人合法权益综合受案制的不确定性严重削弱了未成年人刑事审判工作的严肃性和专业性。
三是在未成年人司法体系中的两个主要机构公安机关和人民检察院，在组织建设发展上也不平衡，不但很多地区未把未成年人犯罪案件的侦查、批捕、起诉与成年人犯罪区分开，在羁押上也存在着将未成年犯罪嫌疑人与成年犯罪嫌疑人、刑事被告人合并关押的情况，给未成年犯和成年犯之间的信息交流制造了机会，严重地侵犯了未成年人的利益与身心健康。
(二)未成年人犯罪处置方式过于单一
众所周知，刑事处罚仍是社会秩序治理中最重的一种制裁，对人一生的影响巨大。相对来讲，未成年人将来有更长的人生道路要走，一旦背负了刑罚处罚的经历，势必对未来的升学、择业乃至正常的生活都将产生影响。《北京规则》在涉及各种不同的处理办法中提出“应使主管当局可以采用各种各样的处理措施，使其具有灵活性，从而最大限度地避免监禁。”我国的法律法规也有一些相应的规定，在《最高人民法院关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中将一些达到犯罪标准但具有某些情节的行为，规定不作为犯罪处理。在《预防未成年人犯罪法》、《少年教养工作管理办法》中也提出对有某些罪错的未成年人可以送工读学校或收容教养等。相较于法律规定，实践中却是可诉可不诉，可判可不判的案件最终都进入了审判程序、以有罪判决结案的屡见不鲜，造成了未成年人犯罪处置方式单一，或放任不管，或进入审判程序。
首先，我国现在对问题未成年人的非审判处置方式过于陈旧，跟不上时代的发展。更重要的是，工读学校与收容教养等由于历史的沿革和定位，会为受其教育的未成年人贴上“问题少年”的标签，这对未成年人的矫正和顺利回归社会将产生负面影响。其次，当前我国尚未建立起其他更有效和更符合时代要求的处置措施，迫使很多可不做犯罪处理的轻微犯罪行为进入审判程序。最后，作为专门审理未成年人刑事案件的少年法庭，只有审判权，并没有实体上决定是否受理或者转处其他措施的权力，对于符合程序规定的公诉案件，只能做无罪或有罪的选择判决。
(三)我国少年刑事审判中的调查、教育作用得不到有效发挥
我国少年刑事司法制度，尤其是少年刑事审判制度发展至今，有着区别于普通刑事审判的鲜明特征，突出的就是社会调查制度和寓教于审的审判制度。这两项制度已经成为少年刑事审判中的“规定动作”，但这两项制度在实践中的形式意义大于实体意义，与审判有强加粘合之嫌，与审理判决不能达到完全的整合，使其应有作用大打折扣。
首先，按照《最高人民法院关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第21条，社会调查报告应由控辩双方或法院委托的社团组织提交。如此规定，本就是希望从不同角度取得客观真实充分的调查资料。但是实践中，绝大部分都只能由法院自己去进行调查，影响了调查报告的质量;其次，社会调查报告的根本目的是为判决做参考，但其在定罪量刑中的具体法律地位究竟如何，能够多大程度上影响判决结果都还比较模糊，并无切实的可操作性;第三，审判中的教育，虽然少年刑事法官从立案到宣判把教育贯穿在整个审判的始终，可是每个案件由于审限的约束、了解的匮乏，加之教育本身的专业性和效果并不能立即显现，因此，多数也只能进行口头说教和疏导，如果再得不到家长的配合，就更难取得令人满意的效果。
(四)未成年人的保护和矫正体系不健全
我国法律中规定的实际可以实施社区矫正的各种刑罚制度的执行机关是公安机关，并没有赋予社区基层组织或教育、志愿机构可以参与社区矫正这一刑罚执行方式的权力，也没有特别针对未成年社区服刑人员的科学的管理教育模式，缺少一个专门的管理机构和专职的管理人员，矫正机构和矫正方式略显单调。我国《刑法》规定的受案标准过高，大量未成年人触法案件被拒绝在司法管辖之外，而《预防未成年人犯罪法》对有不良行为、严重不良行为未成年人的矫治又缺乏有效的实施程序，我国目前也还没有建立起健全的社区未成年人保护工作体系和健全的矫正体系，工读学校数量较少，管理模式相对老化。难以满足社会发展变化的需求。况且，由于缺乏立法规制，社区矫正的机构、方式、范围、惩罚措施以及法律地位都处于不统一、不规范状态。这就减弱了对虽构成犯罪却不够刑法处罚和有严重不良行为的未成年人及时干预的程度，甚至造成矫正的空缺，使一些偶尔违法者或预备违法者因某些权利得不到有效保护、不良行为得不到及时矫正而成为经常性的违法者甚至走向犯罪。另外，社会对刑释、解教等人员的安置保护和帮教不够，由此也导致一些被判缓刑而释放或被判实刑而刑满出狱的未成年人很难重新融入社会。其再犯的机率相对较高，对社会稳定构成了较大的威胁。
