作为一种特殊的知识产权，特许经营权必然具有知识产权的特性，尤其是独占性。学界普遍认为知识产权是一种由国家赋予知识产权人对其智力成果的独占权，其目的是保护创新激励，促进科技创新。知识产权之所以与垄断发生密切的联系，成为反垄断法关注的问题，乃是因为知识产权的价值性和稀缺性。权利人掌握了这种资源，当然会以对自己最为有利的方式加以开发和利用，而这种对智力成果独占性生产和销售所产生的市场力量就会产生一种市场支配力(或者说自然垄断力)，这是由于“规模经济性”或资源稀缺性而形成的一种“自然垄断”。目前多数国家并不关注垄断状态(市场支配力)，但是关注垄断行为。只有当权利人在行使自己权利的过程中利用其优势地位不合理地限制竞争时，也就是滥用这种垄断状态时，才会引起反垄断法的关注。由于特许经营本质上是一种合同关系，根据合同自由的原则，特许权人就可以在合同中为特许经营人规定各种义务，这样特许协议中就可能包含一系列知识产权转让条款。在这种情况下，特许权人很可能会利用自己的优势地位来附加一定的限制。特许经营权的滥用一般体现在特许协议的限制性条款中。正是这些限制性条款才会触动反垄断法的敏感神经。一般而言，特许经营中的限制竞争行为主要有：
首先，区域限制条款(市场分割)。为了使生产和销售更有效率，形成规模经济，降低销售成本，并节省运费，以及防止“搭便车”的行为，特许权人和特许经营人往往在特许经营协议里面规定区域独占权，即特许权人在特许经营人所在区域不再指定其他特许经营人从事同类业务，同时，特许权人也要求特许经营人在特许经营协议所指明的场所进行营业活动，不得擅自去他处从事经营活动。这种规定与横向限制协议中的划分市场十分相似，即竞争者之间分割地区、客户或者产品市场。从反垄断法的角度看，这种规定的结果是消除了竞争者，从而影响了市场竞争。
其次，价格串通行为。在特许经营领域内，价格串通可以分为横向价格串通(包括特许权人之间的横向价格串通以及特许经营人之间的横向价格串通)和纵向价格串通(即特许权人与特许经营人之间的价格串通)。因为这种行为与反垄断法中的固定价格行为十分相似，因此也纳入反垄断法关注的范围。价格串通行为中的纵向价格串通通常表现为固定转售价格，亦即价格控制，即特许权人通过特许协议对特许经营的产品或服务的价格标准进行限制，不允许被特许人自行确定价格，或者被特许人要对价格进行变动，必须经过特许人的同意。执行统一价格有利于特许经营体系的市场经营，增强顾客对特许经营产品与服务的信任度。但是执行固定转售价格的后果是限制了特许经营人之间的竞争，因此可能会引起反垄断法问题。
第三，指定供货(搭售)问题。即特许权人通过特许协议要求特许经营人只能从特许权人或特许经营人指定的供应商处采购商品或原材料；而这类商品或原材料并不附有知识产权因素。这种行为类似反垄断法中的搭售行为。如果特许权人将虽有商业价值但是与特许经营业务无关的商业秘密一揽子许可给特许经营人，就可能构成违反反垄断法的搭售行为。搭售会剥夺特许经营人的选择机会，限制竞争，并从而对商业活动造成不利的后果，因此很多国家的法律对此均加以禁止。
第四，拒绝交易。在特许经营领域，拒绝交易表现为特许权人与其现有的特许经营人合谋，拒绝向其他加盟申请人出售特许权，目的是阻碍其他经营者进入特许人或现有特许经营人所在的产品或服务市场参与竞争。在这种情况下，如果被拒绝的加盟申请人具备完全合格的加盟条件，那么特许权人的行为就构成限制竞争的“拒绝交易行为”。拒绝交易会阻碍其他竞争者进行正当的市场竞争，导致与垄断共生的资源配置不合理，损害消费者的利益等一系列弊端。
特许经营本身的特点决定了它必然会受到反垄断法的关注，但是由于特许经营模式所具有的巨大商业价值，使得人们在用反垄断法对其进行调整的同时，也需要考虑对于特许经营中一些合理的限制行为给予一定的豁免。因此，在研究特许经营反垄断法问题的过程中，豁免制度成为必不可少的一个内容。
