电子支付工作程序分为下面七个步骤:
(1)消费者利用自己的PC机通过因特网选定所要购买的物品，并在计算机上输入定货单，定货单上需包括在线商店、购买物品名称及数量、交货时间及地点等相关信息。
(2)通过电子商务服务器与有关在线商店联系，在线商店作出应答，告诉消费者所填定货单的货物单价、应付款数、交货方式等信息是否准确，是否有变化。
(3)消费者选择付款方式，确认定单，签发付款指令。此时SET开始介入。
(4)在SET中，消费者必须对定单和付款指令进行数字签名。同时利用双重签名技术保证商家看不到消费者的帐号信息。
(5)在线商店接受定单后，向消费者所在银行请求支付认可。信息通过支付网关到收单银行，再到电子货币发行公司确认。批准交易后，返回确认信息给在线商店。
(6)在线商店发送定单确认信息给消费者。消费者端软件可记录交易日志，以备将来查询。
(7)在线商店发送货物，或提供服务;并通知通知收单银行将钱从消费者的帐号转移到商店帐号，或通知发卡银行请求支付
