电子商务的飞速发展在给经济增长带来巨大推动的同时，也给各国的税收带来了问题。因为无论是现行的国际贸易条约，还是各国法律的现行规定都是为适应传统的有纸贸易的要求而制定的，当这些现行的条约应用于国际电子贸易时必然会引起法律上的不协调。
第一，确定纳税主体难。电子商务是在网上进行的，个人或企业的身份是可以虚拟的，网站只是中间媒介，买卖双方完全可以在网上沟通好后再通过网下完成交易，税务机关难以察觉交易的发生，即使知道有交易行为发生，如果刻意隐瞒，税务机关要找到买卖双方也非常困难，大量的税款在网上交易中流失。
第二，确定税收征管对象难。电子商务改变了产品的形态，借助网络将有形商品以数字化的形式进行传输与复制，模糊了有形商品、无形资产、特许权使用及服务之间的概念，难以确定一项收入到底是何种所得，失去了区别税收性质和税种的依据。传统的凭证是以纸质销售凭证为基础的，而在电子市场这个独特的环境下所有买卖双方的合同，以及作为销售凭证的各种票据都以电子形式存在，这使传统的追踪审计失去线索。
第三，实行税收管辖权难。首先，电子商务弱化地域税收管辖权。地域税收管辖权是对来源于一国境内的全部所得，以及在本国领土范围内的财产行使征收权。地域管辖权以各国地理界线为基准，电子商务则消除了国家间的界限，模糊了地域管辖权的概念。其次，电子商务动摇了居民管辖权。居民管辖权是对一国居民在世界范围内的全部所得和财产行使征税权力，而现行税制一般都以有无住所、是否为常设机构等作为纳税人居民身份的判定标准。然而，电子商务的虚拟化，往往使企业的贸易活动不再需要原有的固定营业场所等有形机构来完成，造成无法判定国际税收中的这类概念。
