(一)稽查对象的选取
专用发票的稽查工作应按月进行，除国家税务总局另有要求外，每月稽查户数不得低于增值税一般纳税人总户数的5%。有条件的地区应尽力扩大稽查的覆盖面，以提高纳税人的依法纳税的自觉程度。
稽查的对象要有计划、有选择地确定。下述企业应被选作稽查的重点对象：
1.以一定时期纳税人的有关资料为基准，逐步建立分行业的“销售/购入”正常比率及分行业的销售额(营业额)正常增长比率，凡偏离上述比率而又无正当理由的企业;
2.申报的进项税额大于销项税额的企业;
3.取得的进项抵扣凭证价税合计超过30万元的企业(中小企业较多的地区，可按实际情况确定具体数额);
4.每月申报的销售额与该企业的经营场所、注册资金、固定资产、流动资产、从业人员、经营费用等不成正常比例而又无正当理由的企业;进项抵扣凭证来自专业市场、大案要案多发地区且数量较多、金额较大的企业等。
(二)进项凭证的稽查
1.进项凭证的稽查范围。对进项凭证进行稽查，主要稽查纳税人从销货方取得的，并于当期向税务机关申报，已作税款抵扣的下列凭证：
(1)从销货方取得的专用发票抵扣联(包括汇总填开专用发票所附的“销货清单”);
(2)由海关开具的增值税完税凭证;
(3)运费普通发票;
(4)农产品及废旧物品收购凭证;
(5)国家税务总局规定的其他凭证。
2.进项凭证的稽查要点
(1)稽查进项凭证的真伪;
(2)稽查进项凭证内容是否属实;
(3)稽查进项凭证是否符合增值税准予抵扣税款的范围;
(4)专用发票票面内容填写是否正确，适用税率(税务机关代开所列的征收率)是否符合政策规定，税额计算是否正确;
(5)项目是否填列齐全，其中纳税人税务登记号是否为全国统一的15位码;
(6)对准予计算扣税的进项凭证，其进项税额的计算是否正确。
3.进项凭证的稽查方法
(1)进项凭证与相关付款凭证或账簿对照核实;
(2)进项凭证与相关的进货核实;
(3)发现异常的进项凭证或涉嫌与对方销项凭证不符的，可采取传真机传递方式，委托销货方所在地税务机关配合查实。
(三)销项凭证的稽查
1.销项凭证的稽查范围
(1)纳税人已使用的专用发票，即存根联和记账联(包括开具的红字专用发票);
(2)税务机关代小规模纳税人开具的专用发票存根联和记账联;
(3)纳税人销售货物和劳务开具的普通发票;
(4)国家税务总局确定的其他销项凭证。
2.销项凭证的稽查要点
(1)纳税人已开具专用发票的销售业务是否真实，有无属于虚开代开行为;
(2)纳税人销售货物或应税劳务，其计税销售额是否包括了全部价款和价外费用;
(3)票面所列税率或征收率是否符合政策规定，税额计算是否正确无误;
(4)纳税人已开具专用发票的销售业务、开具普通发票的销售业务和未开具发票的销售收入是否全部作了销售处理，并如实按期向税务机关进行了申报;
(5)票面所列“货物或劳务名称”与实际是否相符;
(6)开具的红字专用发票是否附有购货方税务机关开具的“进货退出及索取折让证明单”;
(7)纳税人销售免税货物，是否有违反规定开具专用发票的现象。
3.销项凭证的稽查方法
(1)对纳税人购、用、存专用发票的情况进行核实，查阅购票证，清点结存票，与申报情况对照，查实专用发票的已用份数;
(2)将查实已用的专用发票所列款项与相关销售账簿进行对照核实;
(3)将查实已用的专用发票所列税额与“应交税金”有关销项税金明细账户对照核实;
(4)税务机关代小规模企业开具的专用发票，其存根联与记账联应与有关增值税完税凭证对照核实，并由上一级主管税务机关组织稽查。
税务机关在稽查企业的销项凭证时，如果发现异常的销项凭证或涉嫌虚开、代开专用发票而销货方所在地税务机关稽查难度较大的，也可以采取传真机传递方式，委托购货方所在地税务机关配合查实。
(四)交叉稽核
税务机关在稽查进项凭证和销项凭证时发现问题，需要委托异地税务机关协查时，应按照以下规定办理：
1.必须使用国家税务总局统一制定的《增值税专用发票核查单》;
2.传递的资料内容必须齐全，字迹要清晰、工整;
3.必须经过主管税务机关领导批准后方可发出;
4.委托异地协查，只能在同级税务机关之间相互进行，各地的传真机号码及通讯地址由国家税务总局统一编制下发。
受托的税务机关接到《增值税专用发票核查单》后要认真配合，组织力量深入查证被查企业生产经营、资金、货物的运转情况，根据核查结果填写《增值税专用发票核查单》的回执联，经主管税务机关领导签字并加盖公章后，寄回委托税务机关。受托方税务机关敷衍塞责，提供虚假情况的，一经查出，依法追究责任。
