对增值税纳税义务人的稽查是增值税稽查工作的第一步，只有正确确定了增值税的纳税义务人身份，并且分清其属于一般纳税人还是小规模纳税人，才能为以后税务稽查工作提供基础，因而必须予以重视。
总的来说，对增值税纳税人的稽查应注意以下几点：
(一)对征税范围的稽查，尤其应注意分清增值税的征税范围与营业税的征税范围，从而分清增值税纳税人与营业税纳税人的界限，具体来说，应从以下几方面着手：
1.一般销售行为，即有偿转让货物的所有权的行为，稽查的重点应包括以下三点：
(1)所销售货物，应是有形的动产，包括电力、热力、气体在内。如果销售的是土地、房屋等不动产，或者是专利权、商标权等无形资产，则这种销售行为不属于增值税的征税范围。
(2)增值税只对货物的销售行为征税，出租、出借等行为不属于增值税的征税范围。这里应注意，对于融资租赁行为，经中国人民银行批准经营融资租赁业务的，无论租赁货物的所有权是否转让给承租方，均不征收增值税;其他单位经营融资租赁业务未转让所有权与承租方的，也不征收增值税，但一经转让所有权则应征收增值税。
(3)上述销售货物的行为必须是在我国境内进行，即货物的起运地或所在地在我国境内，否则不属于我国增值税的征税范围。例如，在我国境内某外资企业，其国外的分支机构在境外生产货物销售，销售收入通过国内机构核算，对这笔销售收入，由于货物的起运地和所在地都不在我国境内，因此不需在我国缴纳增值税。
2.视同销售行为，这些行为从内容和行为性质上划分，可分为以下几种类型：
(1)将货物的代销行为视同正常的货物销售。这样规定主要是为了控制税源，防止税源流失。稽查时应注意，在代销货物时，委托方与受托方均属于增值税的纳税人。按收费方式的不同，代销业务可分为两种情况。
①代销商品加价式的代销，即委托方通过对代销商品加价方法付给被委托方手续费的代销。例如，某企业委托某商场代销电风扇，开出协议价格为100元的专用发票给商场，商场的销售价格为120元，返还委托方100元的价格。这样，企业应按100元销售额计算销售税额，商场则按120元的销价和100元的进价分别核算销项税额和进项税额，对进销差价部分缴纳增值税。
②收取代销手续费式的代销，即在代销商品价款内抽取手续费的代销。例如，在上例中某企业委托某商场代销电风扇，协议价格为120元，商场在销售后按协议价格扣取20元手续费，返还100元价款给企业。这样，企业应按120元销售额计算销项税额，商场的进销价格一致，均为120元，因而应纳增值税额为零。商场收取的手续费可向企业开具普通发票，相应缴纳“代理”营业税。
(2)设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，其相关机构不在同一县(市)的，将货物从一个机构移送其他机构用于销售的行为视同正常的货物销售。在稽查中应注意，这项规定只适用于相关机构不在同一县(市)的，其相互之间移送用于销售的货物，不包括相关机构之间相互移送原料和半成品等不是用于销售的货物。
(3)自产、委托加工的货物用于非应税项目、集体福利和个人消费的，视同正常的货物销售。
(4)将自产、委托加工或购买的货物作为投资提供给他人，分配给股东或投资者，以及无偿赠给他人的行为视同正常的货物销售。
在对以上“视同销售行为”进行稽查时，需注意以下几个问题：
(1)上述“视同销售行为”的规定只适用于增值税税法规定的“单位和个人经营者”，不包括“其他个人”。也就是说，“其他个人”发生上述行为时，并不比照视同销售货物，不属于增值税的征税范围。
(2)纳税人将自产、委托加工或购买的货物用于奖励和用作实物折扣的，也属于税法所说的“无偿赠送他人”的范围，所以也属于增值税的征税范围。
3.对混合销售行为和兼营非应税劳务行为的稽查(详见本章第四节)。
4.对属于增值税征收范围的一些特殊货物交易情况的稽查，例如货物期货的买卖，银行销售金银，典当业的死当物品等。尤其需要注意的是，集邮商品、报刊、无线寻呼机、移动电话等商品按其出售者的不同分别征收增值税或营业税。例如，邮政部门销售邮品，应当征收营业税;邮政部门以外的其他单位和个人销售集邮商品，则应征收增值税。
5.对在境内提供加工、修理修配劳务的稽查。可以分为以下两方面：
(1)对受托加工货物行为的稽查。所谓受托加工货物，是指委托方提供原料及主要材料，受托方按照委托方的要求制造货物并收取加工费的业务。在稽查过程中，主要应审查其受托加工货物业务是否应按“劳务”征税，要注意区分以下两种情况：
①由受托方提供原料及主要材料生产的产品，或者受托方先将原料及主要材料卖给委托方，然后再由受托方加工货物、交付委托方形式的受托加工业务，不论纳税人在财务上是否作销售处理，均应按“销售货物”征收增值税。
②由受托方以委托方名义购进原料及主要材料生产的货物，应视为“受托加工货物”，按“劳务”征收增值税。
(2)对修理修配业务的稽查。所谓修理修配业务，是指委托方对损伤和丧失功能的货物进行修复，使其恢复原来的状态和功能的业务。根据规定，修理修配业务不包括对不动产的修缮业务。在稽查中还应注意，当货物的生产企业为搞好售后服务，支付给经销企业修理费用，作为经销企业为用户提供售后服务的费用支出时，对经销企业从货物的生产企业取得的收入，应按“修理修配”业务征收增值税。
6.对进口货物的稽查。我国的税法规定，进口货物的增值税由海关代征，一般在货物进入关境时，或在货物从海关保税仓库、保税行或保税区中转出投入国内市场时，缴纳增值税。
(二)对纳税人的稽查，尤其应分清一般纳税人与小规模纳税人界限。主要可以从以下几个方面进行判断：
1.从年营业额判断。按税法规定，从事货物生产或提供应税劳务的纳税人，以及从事货物生产或提供应税劳务为主，并兼营货物批发或零售的纳税人，年应税销售额在100万元以上的为一般纳税人;年应税销售额在100万元以下的为小规模纳税人。从事货物批发或零售的纳税人，年应税销售额在180万元以上的为一般纳税人;年应税销售额在180万元以下的为小规模纳税人。在稽查中应注意三点：[page]
(1)销售额，是指不包括应纳税款的销售额，即不含税销售额。
(2)纳税人总分支机构实行统一核算，其总机构年应税销售额超过小规模企业的标准，但分支机构年应税销售额未超过小规模企业标准，其分支机构可申请办理一般纳税人认定手续，但必须提供总机构所在地税务机关一般纳税人申请认定表影印件。
(3)以从事货物生产或提供应税劳务为主，并兼营货物的批发或零售的纳税人，指该类纳税人的全年应税销售额中货物或应税劳务的销售额超过50%，批发或零售货物的销售额不到50%。
2.从会计核算健全程度判断。判断会计核算健全的主要标准是：纳税人是否能够按照会计制度和税务机关的要求准确核算增值税进项税额、销项税额和应纳税额，能否为税务机关提供核算上述数据的会计核算资料。在稽查中应注意以下两点：
(1)按照《增值税小规模纳税人征收管理办法》的规定，只要小规模生产企业有会计、有账册、能够正确计算进项税额、销项税额和应纳税额，并能按规定报送有关税务资料，且年应税销售额不低于30万元的，可以认定为增值税一般纳税人。
(2)从1998年7月1日起，凡年应税销售额在180万元以下的小规模商业企业、企业性单位，以及以从事货物批发或零售为主，并兼营货物生产或提供应税劳务的企业、企业性单位，无论财务核算是否健全，一律不得认定为增值税一般纳税人。
3.从企业的性质判断。按照税法的规定，下列纳税人不论其销售是否超过规定的标准，也不论其会计核算制度是否健全，均不得认定为增值税一般纳税人。
(1)个人;
(2)非企业性单位;
(3)不经常发生增值税应税行为的企业。
另外，生产经营的货物全部免税的企业也不需认定为增值税一般纳税人。
在稽查中需注意的是，当企业从一般纳税人转为小规模纳税人后，原未抵扣完的进项税应转回成本或库存商品;当企业从小规模纳税人转为一般纳税人后，只允许抵扣成为一般纳税人后购进商品的进项税额。
