1990年时有两种税率：1.比例税率。大体有三种做法：一是纯比例税率，按应税牲畜头数及其金额依率计征，二是有起征点的比例税率，规定一个起征点，对超过起征点的，按金额依率计征;三是有免征额的比例税率，规定一个免征额，对扣除免征额的部分依率计征。2.定额税率,按牲畜种类规定固定的征收额,如宁夏规定，每只绵羊每年征税0.4元，每只山羊每年征税0.2元等。 3.地区性减免。依各地区不同的自然情况和本身经济发展的情况给予不定期的减免，如西藏1959～1962年和 1980～1984 年两度全部免征牧业税;内蒙古1980～1984年免征牧业税;陕西省1980年起免征牧业税4年;新疆1980年起减征牧业税44%;四川省阿坝藏族自治州1980年起四年减税一半等。4.灾歉减免。根据受灾程度的大小，给予不同的减免。如内蒙古规定：因灾死亡牧畜5～10%的,减税40%;因灾死亡牧畜11～20%的，减税70%;因灾死亡牧畜21%以上的，全部免征。③贫穷减免，也称“社会减免”，即对生产、生活有困难的纳税人给予减税或免税的照顾。
牧业税原来多是根据国需民有的原则征收实物，如内蒙古、新疆曾以征收活畜为主，西藏和青海曾以征收羊毛为主，四川曾以征收酥油为主，甘肃和陕西两省的牧业税一向征收货币。80年代以来，各自治区和省的牧业税逐步改征货币。
