1、征收情形不同。一般来说税务机关为了确保税款的征收准确性，为根据不同的情况采用不同的征收形式。核定征收适用于纳税人的账本不健全，并且资料大量确实难以查账，或者是难以准确查询纳税人应纳税额，税务机关依据税法进行税款征收。查账征收则适用于账本、凭证、财务审核制度相对健全能够正确计算应纳税款。
2、征收税率不同。不同的征收方式，所采用的税率时不同的。查账征收是由明确的计算方式的，在一定程度上算是定额征收，而核定征收的税率则时需要根据企业的性质不同来核算税率的。虽然不同行业的核定征收税率大不相同，但一般来说采用核定征收的税款要比查账征收的税款低。
核定征收方式包括定额征收和核定应纳税所得率征收两种办法：
（1）定额征收：直接核定所得税额；
（2）核定应税所得率征收：按照收入总额或成本费用等项目的实际发生额，按预先核定的应税所得率计算缴纳所得税。
《税收征管法》第三十五条规定，纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：
1、依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
2、依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
3、擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
4、虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
5、发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
6、纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
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