对于增值税，主要是审查以下几个方面：
1.审查增值税课税对象
主要是审查课税对象是否依法计税纳税。按照税法的规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理、修配劳务以及进口的货物，都应缴纳增值税。在审查时应注意纳税人是否按税法规定纳税，有无应税货物或劳务未计征增值税的问题。
2.审查增值税计税依据
应税产品或劳务的销售额，是增值税计税的依据。对销售额的审查是增值税审查的主要内容。在具体检查时，要注意以下几个方面：
(1)审查价外费用是否计入销售额。
按照税法的规定，销售额包括纳税人销售货物或者提供应税劳务向购买方收取的价款和价外费用。在审查时要注意纳税人是否将价外费用直接记入“资本公积”或“盈余公积”;是否将价外费用直接转入“营业外收入”或冲抵“营业外支出”;是否将价外费用长期挂账，或不开发票收取现金设“小金库”。
(2)审查企业是否将自产或委托加工的货物视同销售货物计征增值税。审查内容如下：
①企业将自产或委托加工的货物用于非应税项目的，是否视同销售货物计征增值税;
②企业将自产、委托加工或购买的货物作为投资，是否视同销售货物计征增值税;
③企业将自产、委托加工的货物用于集体福利消费的，是否视同销售货物计征增值税;
④企业将自产、委托加工或购买的货物无偿赠送他人的，是否视同销售货物计征了增值税。
(3)审查企业随同产品出售但单独计价的包装物是否视同销售货物计征了增值税。审查内容如下：
①随同产品出售但单独计价的包装物，主要审查其发票的填开内容，看其是否单独计价、单独填开，并核对销售明细账，看其是否计算缴纳了增值税;
②企业逾期未退还的包装物押金，是否按规定计征了增值税。
(4)一般纳税人销售货物或者提供应税劳务采用销售额和销项税额合并定价方式的，其销售额的计算是否正确。可按下列公式进行验证：[page]
销售额=含税销售额÷(1+税率)
3.审查增值税适用税率
这主要是审查应纳税额适用的税率是否符合税法的规定，对产品性能近似、税率不同的产品，计算应纳税款时有无混淆界限、错用税率的问题。
新税制设计的增值税率为比例税率，分为基本税率(17%)、低税率及零税率三种。在具体检查时，要以税法规定的税率及适用范围为依据，与应税产品进行核对，审查税率的采用是否合规，有无错用税率的问题。
4.审查增值税进项税额
这主要是审查用于抵扣销项税额的进项税额是否为纳税人购进货物或接受应税劳务所支付或者负担的增值税额。
(1)审查从销项税额中抵扣的进项税额是否为销售方增值税专用发票上注明的增值税额，或是从海关取得的完税凭证上注明的增值税额。
(2)审查列报的进项税额的项目是否符合税法规定的范围。按税法的规定，购进固定资产，用于非应税项目的购进货物或应税劳务，用于免税项目的购进货物或者应税劳务，用于集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;非正常损失的购进货物，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额均不得从销项税额中抵扣。
(3)审查购进免税农产品准予抵扣的进项税额的计算是否正确，其扣除率的确定是否合规。按税法的规定，购进免税农产品准予抵扣的进项税额按照买价的10%的扣除率计算。其验证公式是：
进项税额=买价×扣除率
(4)审查纳税人兼营免税项目或非应税项目而又无法准确划分不得抵扣进项税额的，看其应纳税款计算是否合规、正确。
5.审查增值税应纳税额
这主要是审查纳税人应纳增值税额的计算是否正确，是否符合税法的规定。按税法的规定，一般纳税人应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额的余额;小规模纳税人应纳税额为销售额乘以征收率;进口货物应纳税额为组成计税价格乘以规定的税率。在审查时应分别不同的纳税人，检查其应纳税额的计算是否正确、合规，有无逃税漏税现象。
6.审查增值税减税免税情况[page]
按照税法的规定，农业生产者生产的农业产品，避孕药品和用具，古旧图书，直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器和设备，外国政府、组织无偿援助的进口物资和设备，来料加工、来件装配和补偿贸易所需进口的设备，由残疾人组织直接进口供残疾人专用的物品，销售自己使用过的物品免征增值税。还有纳税人的销售额未达到财政部规定的增值税起征点，免征增值税。在具体检查时，要重点审查纳税是否按规定执行，有无混淆应税产品与免税产品的界限和自行扩大减免税范围的情况。
