税务机关通过对稽查对象进行税务稽查监督发现纳税人、扣缴义务人及其他公民、组织实施了税务违法行为，或者通过受理公民的申诉、控告、举报以及其他信息渠道获悉行政管理相对方实施了税务违法行为，经初步判明税务违法程度达到规定标准的，应当立案。
立案一般要具备几个条件：1.有一定的税务违法事实;2.有明确的税务违法人;3.依法应当或者需要追究其法律责任;4.属于税务机关的管辖范围。依照《规程》第13条规定，税务稽查对象中经初步判明具有以下情形之一的，均应立案查处：
1.偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税以及纳税人、扣缴义务人非法提供账户、发票证明或者其他方便，导致税收流失的。
2.未有第1项所列行为，但查补税额在五千元至二万元以上的(具体标准由省、自治区、直辖市税务机关根据本地情况在此幅度内确定)。
3.私自印制、伪造、倒卖、非法代开、虚开发票、非法携带、邮寄、运输或者存放空白发票，伪造、私自制作发票监制章、发票防伪专用品的。
4.税务机关认为其他需要立案查处的。主要指没有第1至3项所列举的行为、补税数额不大，但情节严重，如有经营行为不到税务机关进行税务登记经反复教育又不改正的;不按时申报，长期拖欠税款需要进行罚款处理等。
对于立案的税务稽查对象，采用一般程序处理，即实施税务稽查一发现纳税人有逃避纳税义务行为的，采取税收保全措施一根据《税务稽查底稿》和有关证据资料等制作《税务稽查报告》一交稽查审理部门进行审查提出《审理报告》(大要案件呈交审委会或上级税务机关)一需处罚的，《告知》纳税人申辩等有关权利事项一有听证权利的纳税人要求听证，税务机关组织昕证，听证完毕存在异议，进行二次审理一做出《决定书》一构成犯罪的，移送司法机关一执行并做出《执行报告》;对于不需立案的稽查对象，可采用简易程序，即实施税务稽查进行调查取证。确定不需立案制作《税务处理决定书》或者《税务稽查结论》，报经局长批准后执行，并做出《执行报告》。
