对外商投资企业和外国企业生产经营收入的检查，应结合企业的业务特点，通过调查了解，掌握企业的生产经营范围，据以判断企业是否已将全部经营业务纳入正常的会计核算。会计处理是否正确、所得额计算是否正确。
与内资企业相同，对外商投资企业和外国企业生产经营的稽查也要分为应收账款的稽查和应收票据的稽查两部分。由于应收账款和应收票据都与企业的销售业务息息相关，因此检查应收账款和应收票据均应结合销售业务来进行。除此以外，还应着重查看企业工商登证等有关资料、审核企业资金往来等以核实企业是否在境内、外设有分支机构，其分支机构所得是否在总机构申报纳税，若分支机构已在其所在地缴纳所得税的，应检查税款抵扣是否正确，所提供的凭证、记录等是否真实可靠。对境外已征税款应要求提供境外税务机关填发的同一纳税年度凭证原件。
在该项稽查中，比较独特的是对外国企业在我国境内承包工程的检查，在此详细陈述下。外国企业承包工程即指外国公司、企业和其他经济组织在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探等工程作业或对有关工程项目提供劳务。按我国现行的税法规定，此类所得，应向我国缴纳企业所得税。纳税方法是由外商按规定申报缴纳，税务机关进行核实征收，实行按年计征、分季预缴、年终汇算清激、多退少补。对于不能准确提供成本、费用凭证，不能正确计算应税所得额的，经所在地税务机关核准，可以以不少于业务收入额的10%来核定其利润率，按33%的税率计算应纳税额。若外商分别承包几项工程，并由管理机构统一核算各项工程的收入的，可由管理机构汇总申报纳税。在实际稽查中，首先应注意的问题是发包方不得替承包工程作业的外商包税。若经实地检查发现包税情况，则应把包税款并入承包工程作业的外商收入中对该外商征收所得税。其次是外商再把其承包的工程作业或劳务服务部分转包给中国企业或其他外商时的纳税问题。此时，原承包的外商负代扣代缴义务，它应按付出的转包价款扣缴受转包方应缴纳的企业所得税。最后，若总承包额中存在承包方代为采购或在中国境外代为制造本工程所需用的机器设备而垫付价款的，可予以扣除，但该扣除额最多不得超过业务收入额的70%，并且外商提供的机器设备原始发票凭证应标有发包方抬头，由发包方缴纳关税，否则不予扣除。
