就其客观原因来讲：
——经营手段灵活，稽查难度增大
在市场经济条件下，企业作为自主经营、自负盈亏的法人实体参与市场竞争，在竞争中不断壮大，并通过兼并、收购和联合等方式形成了主业突出、市场竞争力强的大公司大集团，由于企业经营范围广、经营手段灵活，经营环境日益复杂，税务稽查难度增加，稽查风险明显增大。同时企业出于利润最大化的动机，少数企业诚信缺失，纳税意识淡薄，加之互联网等信息技术的广泛应用，加快了信息的产生和传递，避税、逃税手段高科技化，稽查人员失察和出错的可能性增加，稽查风险明显增大。
——法律责任细化，稽查风险增大
随着我国法制建设的逐步完善，税务稽查机关及其工作人员的法律责任更加细化和具体，《中华人民共和国税收征管法》及其实施细则的修订和完善，进一步明确了税务稽查机关及其工作人员的法律责任，《中华人民共和国行政许可法》实施，增加了税务稽查机关及其工作人员的法律责任条款。其他涉及税务稽查责任的法律法规还有《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国行政复议法》、《中华人民共和国行政诉讼法》、《中华人民共和国国家赔偿法》、最高人民法院《关于执行行政诉讼法若干问题的解释》、最高人民法院《关于执行行政诉讼证据若干问题的规定》和《税务稽查工作规程》等，由于涉及的法律法规进一步细化，对税务稽查质量提出了更高要求，加大了稽查责任，增大了稽查风险。
——外部环境干扰，稽查压力增大
税务稽查受外部环境的干扰，影响税收执法的公平，个别企业一旦被税务稽查机关查出问题就找关系、找人头，干扰税务稽查机关的检查和处理;少数地方政府出于培植地方经济的目的，担心税务检查会影响地方经济的发展，影响企业的发展，有时也会发生行政阻挠检查，致使税务机关有案难查，有税难收，增大了稽查压力，同时也增大了税务稽查风险。
就其主观原因来讲：
——专业能力的影响
税务稽查是一个需要综合运用税收、财会、法律知识和经验进行职业判断的专业。稽查人员在稽查过程中需要合理运用专业知识、技能和经验，并保持职业谨慎，稽查人员这种职业判断直接影响稽查工作质量，采用何种稽查方法，收集哪些证据，收集多少证据，提出何种意见，都直接依赖于稽查人员的职业判断。由于客观环境的不断变化，企业经营日益复杂，以及信息科技和技术的广泛应用，稽查人员应对的经验和能力显得不足。[page]
——职业素质的影响
人的因素总是至关重要的，税务稽查工作也一样，稽查人员的职业素质包括稽查人员的职业品德、职业纪律、职业胜任能力和职业责任。如果税务稽查人员在执行税务稽查的过程中丧失了应有的工作责任心，没有保持公正、谨慎的职业态度，就会影响稽查质量，增大稽查风险。
——稽查方法的影响
税务稽查广泛采用统计抽样的方法，即从被查单位总体中选取一定数量的样本进行检查，并根据检查样本的结果来推断总体特征，因此，稽查结果必然有一定的误差;同时，计算机的核算、分析技术已在会计领域广泛应用，但计算机稽查技术还没有得到有效开发和运用，面对海量的稽查资料，仍普遍实行账项基础检查法，受检查人数和检查时间的限制，这种稽查方法存在的缺陷影响了稽查质量，增大了稽查风险。
