——税务稽查机关作出的税务稽查意见失当，造成行政复议决定撤销、变更，或确认该具体行政行为违法，或行政诉讼败诉。
——税务稽查人员在检查、处理过程中玩忽职守或徇私舞弊，造成税款严重流失或违反廉政建设或效能建设规定，被追究刑事责任或行政处分。如《刑法》第四百零四条规定“税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役;造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。”;《征管法》第八十一条规定“税务人员利用职务上的便利，收受或者索取纳税人、扣缴义务人财物或者谋取其他不正当利益，构成犯罪的，依法追究刑事责任;尚不构成犯罪的，依法给予行政处分”。
——其他风险。如稽查人员在查处税收违法案件时，未按规定进行回避的;未按规定为纳税人、扣缴义务人、检举人保密的;违反法定的行政处罚程序的;查封、扣押纳税人个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品的;使用或者损毁扣押的财物，对当事人造成损失的;为牟取本单位私利，对应当依法移交司法机关追究刑事责任的不移交，以行政处罚代替刑罚的;执法人员玩忽职守，对应当予以制止和处罚的违法行为不予制止、处罚，致使公民、法人或者其他组织的合法权益、公共利益和社会秩序遭受损害的等。
