纳税评估工作是税收征管工作的一项综合体现。通过纳税评估可以掌握征管现状，发现工作中的问题和薄弱环节，从而有针对性地提出改进措施和意见，是税款征收和税务稽查的有机结合点。纳税评估对一般性涉税问题采取人性化措施加以处理，既预先防止了国家税款的流失，又易于被纳税人接受，使税收秩序得到良好的维护。但是，当纳税评估分析中发现纳税人有偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为嫌疑时，就要将案件移交稽查部门实施查处，以打击纳税人的违法犯罪行为，保证国家税收利益。它们之间的联系主要表现在两个方面：
一、纳税评估为税务稽查提供准确的案源
稽查选案根据日常税收征管资料和税收管理信息系统产生的涉税信息以及上级机关交办、其他部门转办的案件信息，采用计算机选案分析、人工分析、群众举报等方法来确定稽查对象。而信息资料主要来源于征收管理资料，稽查对象的确定不够准确，这是因为：一方面稽查人力有限，纳税人数量多，导致稽查选案工作量大;另一方面信息来源渠道少，使稽查选案时获取的资料不够全面。因此，在选案环节所确定的对象，往往在稽查部门投入大量人力和时间实施稽查后，结果却没有发现纳税人有违反税收法律法规的行为，从而使税务稽查的效率大大降低。
纳税评估是由基层税源管理部门及其税收管理员负责，对所管纳税人的情况掌握较为全面。同时，纳税评估以综合审核对比分析中发现有问题或有疑点的纳税人，以及重点税源户、特殊行业的重点企业、税负异常变化、长期零税负和负税负申报、纳税信用等级低下、日常管理和税务检查中发现较多问题的纳税人作为重点分析对象。因此，涉嫌违法违规的纳税人基本上被纳入了评估范围。再者，纳税评估的数据来源包括“一户式”存储的纳税人的各类纳税信息资料，税收管理员通过日常管理所掌握的纳税人生产经营实际情况，上级税务机关发布的宏观税收分析数据、行业税负的监控数据、各类评估指标的预警值，这些信息资料和分析依据为纳税评估的准确性提供了可靠保证。因此，通过纳税评估分析作出的纳税人有偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税或其他需要立案查处的税收违法行为嫌疑的评估报告，其准确率较稽查选案环节的分析要高。这些纳税人及其涉税违法信息资料移交到稽查部门，为税务稽查提供了准确的案源，大大提高了稽查工作的效率。
二、税务稽查为纳税评估设立评估指标及预警值提供基础信息[page]
税务稽查工作根据《税收征管法》赋予的权限，一方面在稽查方式上可根据需要和法定程序采取询问调查、调帐检查、实地检查、税务协查等稽查方式，依法向当事人及利害关系人询问与纳税有关的问题和情况，深入被查对象生产、经营场所采取账务检查、现场检查、外部调查等方式进行实地检查，还可以采取函查方式请求协助调查。另一方面，在调查取证时，可依照法定程序收集或采取一定方式获取书证、物证、视听资料、证人证言、当事人陈述记录、鉴定结论、现场检查记录等。因此，对稽查对象的纳税情况掌握较为全面、深入。纳税评估对经分析发现的纳税人存在的疑点问题只能通过约谈、举证、调查核实等程序对疑点进行认定和排查，其约谈对象、调查范围都受到一定限制，纳税评估不可能超越税源管理员所具备的职责和职权。因此，在对纳税人纳税情况调查取证的深度、广度和对纳税人纳税结果判定的准确性上，税务稽查都占有绝对优势。
因而，税务稽查通过法定方式方法对纳税人的生产经营、财务核算、税收政策法律法规执行情况的检查，能够全面掌握纳税人的各项经济指标相互间特殊对应关系、影响相关经济指标变化的各种因素，这些指标和因素可为纳税评估进行指标的确定、预警值的测算和调整提供重要参考和基础信息。
