(一)税务稽查风险形成的客观原因
1.被稽查对象的复杂性，加大了稽查的难度
在市场经济条件下，企业作为依法自主经营、自负盈亏的法人实体参与市场竞争，企业经营的不确定性明显增强，现代企业的经营环境十分复杂，这使得多样化的经营在日趋激烈的市场竞争中的不确定性增加，加之现代社会是信息社会，互联网等高科技技术大大便利了信息的产生和传递，这些都使稽查人员失察和出现差错的可能性增加。同时，由于被查对象业务内容在不断扩大，被查对象出于利润最大化的动机，加之国民纳税意识淡薄而进行的避税、逃税等手段高科技化、先进化，稽查风险也明显加大。
2.税务稽查质量要求的提高、税务稽查责任的扩大是税务稽查风险加大的一个重要原因
税务稽查是税收征管中的“重中之重”，它对于查处税收违法行为，保障国家税收收入，促进依法纳税，保证税法的实施，起着积极而重要的作用。这就要求税务机关要不断提高税务稽查的质量。随着我国法制建设的逐步完善，税务稽查机构及其人员的责任也日渐明确和加大，如涉及税务稽查责任的法律、法规、规章有《税收征管法》、《例法》、《行政处罚法》、《行政诉讼法》、《国家赔偿法》、《税务稽查错案责任追究制》等，按照税务稽查法律、法规、规章的要求进行稽查并出具处理决定书，查处税收违法行为这是税务稽查人员的责任。由于税务稽查质量要求提高，无疑加大了稽查管理的责任，从而增加了税务稽查的风险。
(二)税务稽查风险形成的主观原因
1.税务稽查人员的专业能力不强
税务稽查是一个需要运用知识和经验进行判断的专业。稽查人员判断力的强弱直接关系到稽查人员的工作质量，稽查人员采用何种稽查方法，收集多少证据，提出何种意见，都直接依赖于稽查人员的判断，取决于稽查人员的经验和能力。客观环境在不断变化，加之稽查内容的复杂性和广泛性，稽查人员的经验和能力总是有限的。对于一个刚刚从事稽查工作的人员，其经验和能力有待于在稽查工作中积累形成;对于一个长期从事税务稽查工作的人来说，也可能因为情况的变化和业务的复杂性，而在税务稽查工作中作出错误的判断。
2.税务稽查方法存在缺陷
税务稽查广泛采用抽样的技术，即根据总体中部分样本的特征来推断总体的特征，因此稽查的结果必然带有一定的误差。[page]
另外，受稽查成本效益的制约，税务稽查人员往往会舍弃一些对税务稽查意见形成影响不大但耗时费力的稽查程序。这种选择取舍稽查程序的判断会导致一些影响税务稽查意见正确性的程序被放弃，从而使税务稽查意见失实。现代税务稽查方法强调了成本和效益原则，对所有的稽查程序和稽查方法进行选择需要以接受一定的稽查风险为前提。
现阶段，我国税务稽查方法的缺陷十分明显：计算机技术已在会计领域广泛应用，但计算机技术仍是稽查人员面临的问题之一;在国外普遍采用制度基础稽查和风险基础稽查方法的时候，我国却在普遍实行账项基础稽查方法;稽查风险的量化和控制已成为世界税务稽查关注的问题，我国税务稽查人员还在广泛采用判断抽样技术等等。上述稽查方法存在的缺陷使我国税务稽查人员面临的稽查风险大大高于国外稽查人员的稽查风险水平。
3.税务稽查人员的责任心不强和职业道德水平不高
如果税务稽查人员在执行稽查业务过程中丧失了应有的工作责任心，没有保持客观公正的态度，不仅会影响稽查质量，增大稽查风险，还将视情节轻重负法律责任。对于任何一项工作，人的因素是至关重要的。稽查是一种专业性和技术性都较强的职业，需要一套系统的职业道德标准来指导、约束和规范稽查工作。但仅有这些规则和准则是不够的，关键是稽查人员的责任心要强、职业道德水平要高。
