这个要视具体情况而定。根据财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》（财税〔1999〕273号）文规定，对社会力量，包括企业单位（不含外商投资企业和外国企业）、事业单位、社会团体、个人和个体工商户，资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费，经主管税务机关审核确定后，其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额中扣除。当年度应纳税所得额不足抵扣的，不得结转抵扣。
非关联的科研机构和高等学校是指：不是资助企业所属或投资的，并且其科研成果不是唯一提供给资助企业的科研机构和高等学校。企业向所属的科研机构和高等学校提供的研究开发经费资助支出，不实行抵扣应纳税所得额的办法。
而根据《国家税务总局关于做好已取消的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》（国税发〔2003〕70号）第三条规定，取消社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发经费税前扣除审核权的后续管理。由此，取消主管税务机关的事先审核确定权限后，资助研究开发经费的税前扣除改由纳税人依法自主进行申报扣除，主管税务机关则加强事后检查。
主管税务机关会对进行资助的企业，以及企业所资助的科研机构和高等学校的研发费用的有关凭证的合法性和真实性进行认真检查，企业或单位与所资助的科研机构、高等学校是否存在关联关系，并对资助款是否用于该机构，是否用于新产品、新技术、新工艺进行核对，对不符合规定条件的，均要依法作纳税调整，并补缴税款。
该单位应该结合自己的实际情况，严格按照相关的政策规定进行税务处理，如果该单位所资助的科研单位确实属于非关联科研机构或高等学校，则所资助科研经费支出可以全部在税前进行列支。否则，企业不仅会被要求补缴税款，还可能面临被追罚税款的危险。
