如果是物流业一般纳税人的话，增值税发票分为两种，一种是货运业增值税发票，税率是11％，可以开运费。另一种是增值税专用发票，税率是６％，可以开仓储费、搬运费。增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
１、内部员工风险
由于物流企业普遍存在人员流动性大、内部管理松散、员工面对巨大经济诱惑时容易出现违法犯罪行为的特点，如员工侵占运输货物，收取货主的财物等、物流企业应完善内部流程和员工管理，制定严格的公章使用管理制度，加强收货、运输、送货等各个环节的监督。同时，还应加大对快递业务员的职业能力和相关法律知识的培训力度，逐步实现快递人员岗位技能专业化，增强快递员的法律风险意识，保证快递业务安全运行。
２、合同无效风险
物流企业应加强合同管理及风险防控，规范合同形式，避免因签订电子合同或口头约定产生不必要的争议。企业法务人员应对公司签订的各项合同提前进行审查，查找和预测风险点，有针对性地做好应对方案。对于运单上的格式条款，如不保价最多只赔偿三倍运费等条款，特别是限制或免除责任的条款，建议采取特殊字体、颜色和较大字号等足以引人注意的方式提示客户阅读，并要求业务人员务必尽到告知义务。如果与客户签订月结协议的，可将重要的条款内容纳入月结协议，并给予充分合理的说明。
３、货物本身风险
物流企业面对其高风险的同时，要加强自己的注意义务，如收到托运人提供的货物时，需仔细检查该货物是否与托运人在运单中记载的内容一致，以防后期发生法律风险，如争议货物的数量或者质量问题。承运人使用非公司自有的运输工具运输时，将货箱封口贴上本公司特有的封签或条形码等，便于辨识是否曾开箱，如接货时发现有开箱痕迹立即提出异议。货物送达后，应严格核对收件人的信息，确认实际收件人与运单记载的收件人一致后再交货。
建议物流企业建立完善运输单据管理制度，从运单的制定、印刷、签订到后期保管、销毁等一应过程，都应有严格的规则规范，从而保证日后发生纠纷时可以快速准确找出对应运单，有利于明确争议双方的权利义务关系和案件审理事项。
４、物流保险风险
物流企业投保时应慎重选择保险类别，仔细阅读保险条款尤其是保险责任范围规定，降低赔偿的风险。如投保货损险时不能避免保险公司继续向物流公司追偿的风险。在选择投保险种时，有以下方法可供参考：
首先，规模较大、法律意识较强的物流企业在投保货损险时，往往要求保险公司放弃向其追偿的权利，并且作为合同条款订入保险合同，如果保险公司同意这一条款，则对物流公司来说，不但可以享受货损险广泛承保范围的利益，又可免除自己的后顾之忧。
根据我国税法的相关规定，企业会涉及到的税种通常包括增值税、企业所得税、印花税和个人所得税，此外还会有城市维护建设税、教育费附加费、地方教育费附加费等附加税，以及某些特殊行业因经营性质或范围而需要缴纳的消费税、资源税或者烟叶税。除以上所述，若企业的办公场所是自有房产、企业购买了经营用车，则还需缴纳相应的房产税和车船税。
法律依据：
《企业所得税法》第一条 在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织（以下统称企业）为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。
《印花税暂行条例》第一条 在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人，都是印花税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当按照本条例规定缴纳印花税。
《增值税暂行条例》第一条 在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
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