1、个人所得税与公务费
公司向员工发放交通与通讯补贴交不交个税，从原理上讲，取决于这些补贴是如何使用的。
汽车、手机这类工具的特点在于，使用过程中哪些是因公的开支、哪些是员工因私的开支，往往难以分清。
员的电话全部用于私人生活，一个工作电话也没有，这是难以想象的；同时，全是工作电话，一个私人电话也没有，也是难以想象的。那么，把通话详单打印出来，一笔一笔分清因公因私不就好了么？
这更难以想象！
当费用开支无法准确核算时，唯一的办法就是“核定”。
由于此类补贴用途区分涉及的面广量大、情况复杂，所以，税务总局曾对各省级税务机关进行过核定的授权：
“个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。……
“公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。”（国税发【1999】58号文）
就是说，省级地税机关应该进行测算，然后报省级政府批准，然后是总局备案。这相当于，希望从制度上，对补贴中的因公支，分省来一个一刀切的强制核定。
比如，过去有的省地税曾规定：“各单位向职工个人发放的交通补贴（包括报销、现金等形式），按交通补贴全额的30%作为个人收入并入当月工资薪金所得征收个人所得税”，这相当于公、私比例为七比三。它显然太高了，并且没有考虑到上限。
现在，大多数省规定的是参照政府公务用车制度改革实施方案的标准来定，即按政府的标准，比如一个月1千，则公务费就是1千，超过部分交个税。由于各首差异很大，所以，纳税人应该收集本省地税对此的规定文件，并按之执行。
2、没有规定标准怎么办
当然，也有省没有制定标准。没有制定标准该怎么办？有的人认为，如果没有制定标准，就按30%缴纳个税，好像总局大企业司就曾认可过这样的口径。
以前税务总局大企业司的确在一个文件里讲，如果省局没有规定，就按30%确认为因私开支，计算个税。（企便函[2009]33号）但这个文件早已失效，并且其规定并不适用于一般企业，同时也是不合理的。
有的税务人员认为，如果本省没有规定公务费标准，就不能扣减公务费，应该全额缴纳个税。一般情况下我们都是这样理解的，但如果我们学习了税务规则，就知道这样的认识也是明显错误的了。
当没有规定明确的标准时，税务的规则是：就该由公司具实进行核算或合理核算，如果核算不清或者不被税务检查人员认可，税务检查人员有权核定。
有人认为，最终还是由税务检查人员核定说了算，与“不能扣除”不是一样吗？
当然不一样。这就是判断办税内行与外行的差别。
首先，如果公司核算的公务费确实有道理，税务检查人员真的可能会核定一个合理的公务费不扣个税。当然，这一般要求税务检查人员业务水平高、严格依法征税、税企关系和谐；
其次，如果税务人员核定的结果是一分钱也不准扣，导致少扣个税，此事的性质就是税务人员的核定权实施导致的补税，不是企业和个人的违法少交税问题，只涉及个人补税，不应产生滞纳金，不应被罚款。
强调一点，税务规则的一项基本原则是，除非有明确的政策规定，否则所有不能核算清楚的收支，都通过“核定”解决。
3、是否需要发票
明白了补贴中公务费与个税关系后，下一个问题就是，此类补贴发放时是否需要发票？不少地方的税务机关要求发放补贴时凭发票列支，如何来理解这样的要求呢？
公司的开支是否应该提供发票，取决于其是否对外采购了商品与服务。即是一项采购行为，还是一项发放补贴的行为。
按《发票管理办法》规定，企业“购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。”公司发放补贴给员工，不是采购产品与服务的行为（雇员向雇主提供的服务本身也不属于营业税和增值税征税范围），所以无需取得发票。如果税务人员要求提供发票，企业又无发票可提供，则应以《发票管理办法》的规定进行申辩。
需要注意的是，如前文所述，如果企业没有按省级税务机关的标准计算公务费，或者本省没有相关标准，那么地税在计征个人所得税时，会进行核定。核定公务费开支金额时，发票就是证据之一，如果缺乏发票，税务核定时，企业和员工必将处于不利的位置。
此时，有人会将问题牵扯到企业所得税上，问上述补贴没有发票，企业所得税可以列支吗？
首先，支付给员工的补贴，不需要发票。其次，补贴的支出对象是员工，不论员工将其用于公务还是私务，都不影响企业所得税的扣除，只影响个人所得税。
那么，会计上应该如何做好相关的凭证与发票工作呢？
会计应严格按公司的补贴制度进行处理。
如果公司制度规定的是，按人头标准发放补贴，则应直接造表发放，没有理由要求员工提供发票；如果公司制度规定的是，员工在额度内凭票报销，此时可以要求员工提供发票，但这些发票是员支出的发票，只能作为配套的原始凭证，在其基础上计算并造表发放。
以上处理，不论员工提不提供发票，其个人所得税的计算，都按前述公务费计算方法计算扣减公务费，余额并入当月工资薪金计税。
4、私车公用怎么处理
私车公用制度在具体实施上，按其费用列支情况，我们姑且可以将其分为两大类，一类是补贴型私车公用，一类是费用型私车公用。
如果公司私车公用制度规定，员工将私车用于公司公用，公司每月支付交通补贴，或者报销一定金额标准的油费等，这就属于补贴型。其实质依然是一项补贴，无法理解为公司自己的、直接的费用开支。对于员工取得的补贴，不论是直接发放还是所谓“报销”的，都适用于前文所述的补贴计算方法计算个人所得税。
例如，公司规定，中层干部私车公用，按其级别，公司每月报销其1200元油费。本省规定，交通补贴中的公务费标准为500元，则其中700元应并入工资计税。不论其是否用发票报销，都应这样计算。
另一类私车公用与之不同，我姑且称之为“费用型”，就是：员工私车公用，但不按某一标准报销油费，而是据实报销使用中发生的一切费用——油费、停车费、过路费等。注意，保险不行，保险不是基于使用发生的费用。
这种模式下，报销因事而起，有事则报，无事则无，完全据实，会形成一个费用报销流程和证据链。则此类费用，就属于公司自己发生的费用，不再是支付给员工的补贴，此时完全不涉及个人所得税问题。但正因为属于公司对外购买了相关油料和服务，所以，需要凭发票报销。
双方的外在区别，就是前者往往表现为人人有份、月月相等，与工作无关；后者则是完全依托于具体的工作、差旅、业务事件，表现为金额不等、手续完备。
总是有人认为，这样，企业岂不是可每个月为每个员工做大量的报销手续报销油费，从而少交个人所得税？这是一种因噎废食的态度。如果不是基于事实的话，这就属于造假的行为，涉嫌偷税了。已经进入另一个法律领域。
5、能否给外单位人员发补贴，或者报销费用？
有时，外单位人员会来本公司工作，比如：母公司审计人员、事务所律师、设备供应商维修人员、评审会专家、咨询顾问等等，他们的补贴，包括差旅费补贴如何处理？他们台头的费用发票如何报销呢？
