出口退税登记是办理出口退税的第一步。出口企业在征税机关办理税务登记和增值税一般纳税人认定登记之后，应到主管退税的税务机关办理出口退税登记手续。
首先，出口企业在获准具有进出口经营权之日起30日内，持国家外经贸部及其授权单位批准其出口经营权的批件、工商营业执照副本、税务登记证副本等证件到所在地主管退税机关办理出口退税登记手续：(1)填写出口退税登记表，经主管退税机关审核;(2)办理出口退税登记证;(3)提交出口专职或兼职办税员的有关资料，经由主管退税机关考核，发给《办税员证》。出口企业只有在领取了出口退税登记证明之后，才具有办理出口退税的权利和资格。未办理退税登记的出口企业，一律不予办理出口货物的退(免)税。
其次，出口企业的出口退税登记的内容如有变更，或发生改组、分立、合并、撤消等情况，应于主管部门批准之日起30日内，持有关证件向所在地主管退税的税务机关办理变更或注销出口退税登记手续。出口企业如更换办税员，亦应办理变更手续。
出口退税申报
由于出口企业的情况不同，出口退税申报的要求也有所差别。一般规定是，台商投资企业应在货物报关出口并在财务上作销售后，按月填报“外商投资企业出口货物退税申报表”，并提供海关签发的出口退税专用报关单、外汇结汇水单、购进货物的增值税专用发票(税款抵扣联)、外销发票、其他有关帐册等到当地涉外税收管理机关申请办理免税抵扣和退税手续。
出口退税审核
出口退税的审批权原则上集中在省级和计划单列市国家税务局，也可根据出口退税审核工作的实际情况，由地(市)一级国家税务局参与出口退税的具体审核工作。在上述有权的国家税务局，设立有进出口受税管理处(分局)，直接办理出口退税业务。
关于台商投资企业出口退税审批管理问题。台商投资企业出口退税的日常管理，如办证、检查、清算及资料的审核、保管等工作，统一由各地国家税务局涉外税收管理机关具体负责，企业出口退税的退库手续，由同级进出口税收管理机关负责办理。
涉外税收管理机关接到企业退(免)税申报表后，经审核无误，报上级涉外税收管理机关审批后办理;对于采用“免、抵、退”办法以及采取先征后退办法应予办理退税的，经上级涉外税收管理机关审查后，送同级进出口税收管理机关审批核准办理退库。
负责出口退税审核的税务机关在接到出口企业的退税申报表时，亦必须严格按照出口退税规定认真审核，确认无误后，逐级报请有权审批的税务机关审批，只有在批准后，才可填写《收入退还书》，送当地银行(国库)办理退税。[page]
出口退税审核的主要内容有：出口报关单原始单据、进项税额原始单据、出口货物销售帐簿和应交税金帐簿等。
台商投资企业提出的退税申请手续齐备、内容真实的，当地涉外税收管理机关必须自接到申请之日起，15日内审核完毕;上一级涉外税收管理机关必须自接到有关材料后15日内审批完毕;进出口税收管理机关必须在接到有关材料后，30日内办完有关退税手续。
税款退付与退税清算
(一)税款退付是在出口退税申报和审批之后，银行依据《收入退还书》将出口退税款从国库退付到出口企业的开户银行帐户的行为。出口货物在办理退税手续后，如发生退关、国外退货或转为内销，企业必须向所在地主管出口退税的税务机关办理申报手续，补交已退(免)的税款。
(二)退税清算。出口企业要于年度终了后三个月内，进行上一年度出口退税的清算，按规定期限向主管退税机关报送“清算表”及相关资料由主管税务机关进行全面清查。主管退税机关在出口企业清算结束后两个月内，对企业上报清算报表的清算资料进行清算核查，并向出口企业发出《清算情况通知书》说明以下问题：
1、出口企业的性质和清算范围，出口货物的品种、数量及销售额，清算后出口企业应退税款、已退税款。
2、清算中发现的问题，多退、少退、错退的金额。
3、清算处理结果及意见。
