金税工程作用表现在以下几个方面：
能有效防止假票；确保供货方真票申报纳税购货方才能抵扣税款；提高对假票和未申报纳税发票的查处力度。提高企业信用等级和商誉。购货方对供货方信用有疑问的，可以在进项发票通过认证和交叉稽核之后再付款。已有不少一般纳税人主动要求使用防伪税控开票子系统。
税务机关利用四级网络对每年约3亿份发票和120万户增值税一般纳税人的纳税申报数据进行逐级监控，然后分行业、分地区进行审核、评估和分析。
上级税务机关对下级税务机关贯彻落实税收政策、依法征税的行为进行监督和制约，下一级税务机关的各项执法行为均成为上级税务机关实时监控的内容。这为税务系统提高执法水平、加强队伍建设、清除腐败提供了更有效的手段。
