在中介机构的税务代理活动中，注册税务师应当以纳税人扣缴义务人自愿委托和自愿选择为前提，遵守国家税收法律、行政法规和行政规章，独立、公正执行业务，维护国家利益，保护委托人的合法权益。
税务代理人在代理纳税人办理税务登记手续时，应注意以下几个方面的问题：
(1)按税收征管法和当地税务机关有关规定，在办理税务登记时准备好应提交办理登记的所需的各种证件和资料，按统一的规范用语填写税务登记表，并在规定的时间内办完税务登记。
(2)目前我国税务机关为适应分税制要求，设置两套税务机构，即国家税务局系统和地方税务局系统，因此在办理税务登记时，应按照国家税务总局的规定向主管税务机关申请办理。
(3)依照税法或税务机关的规定负有代扣代缴代收代缴义务的单位应及时到税务机关办理代扣(收)税务登记，领取代扣(收)税款证书。例如，收购未税矿产品的单位为资源税的扣缴义务人，受托发放贷款收取利息的金融机构为营业税的扣缴义务人，对于个体运输业户及社会零散车辆应纳的税收，交通运输管理部门是代征代扣代缴义务人，都应到税务机关办理代扣代缴税务登记。
代理扣缴义务人申报办理代扣代收税务登记时，首先要向主管税务机关报送《申请税务登记报告书》，经税务机关审核后应如实填写《代扣(缴)税务登记表》，并领取代扣代缴(代收代缴)税款登证件。
(4)从事生产经营的纳税人到外县(市)从事生产经营活动的，必须持所在地税务机关填发的外出经营税收管理证明，向营业地税务机关办理报验登记，其基本内容和程序如下：
第一，纳税人向营业地税务机关提交税务登记证副本和所在地税务机关填开的外出经营税收管理证明单(以下简称证明单)，向税务机关报验登记。
第二，营业地税务机关将纳税人提交的“证明单”的第二联和第三联与其经营情况核对，查实无误后，留存“证明单”，予以登记。纳税人便可持原所在地税务机关核发的《税务登记证》副本进行经营，对应在经营地纳税的应就地缴税。
第三，纳税人经营活动结束后，要向营业地税务机关结清发票或税款，然后由税务机关在“证明单”第二联上加盖公章，交给纳税人，由纳税人连同完税证明等一并交原填发税务机关。
