一、认证
按照国家税务总局的规定以及防伪税控认证子系统软件的设计要求，为确保金税工程的顺利实施，纳税人取得的电脑版增值税专用发票必须在90日内到税务部门进行认证，即先认证后抵扣。增值税一般纳税人的进项发票，可以在上班时间到办税服务厅管理服务窗口认证。若遇特殊情况，可提前预约。认证相符的可以抵扣，否则不予抵扣。认证时只需带电脑版增值税专用发票抵扣联原件。
二、抄报税
1、凡纳入防伪税控的增值税一般纳税人，每月必须根据防伪税控开票子系统的提示，在1—5日进行抄报,1-10日进行报税。
2、防伪税控企业向征收机关报税时，必须持以下资料：
(1)税控IC卡;
(2)销项备份软盘，即存有专用发票存根联明细数据软盘(只就DOS版2K小容量IC卡企业);
(3)企业签章后的销项发票汇总单及明细清单;
(4)征收机关要求报送的其他资料。
3、使用主、分开票机的防伪税控企业报税时，必须报送汇总软盘和汇总的主开票机IC卡，或所有软盘(软盘数量不少于开票机数量)和汇总的主开票机IC卡，或所有的主、分开票机IC卡。
三、纳税申报
1、纳税人将增值税、消费税、代扣代缴储蓄存款利息所得税、企业所得税和外商投资企业所得税申报表交由管理服务窗口受理。纳税人提供的资料有：涉及本企业的、上述各税种的申报表及附表，如有附列资料的需一同报送。企业涉及有运输发票、海关代征增值税专用缴款书、废旧物资收购发票抵扣联的，企业需报送相关软盘和清单。
小规模纳税人需同时报送发票领用月报表一份。
2、若企业未在缴款书上所规定的“限缴期限”内到银行下帐，需重新开具缴款书，应将缴款书退回相应窗口作废并重开，同时，按规定加收滞纳金。
3、企业因各种原因违章所产生的罚款，可持稽查局、管理分局(科)的违章处罚岗开具的罚款通知书，到办税服务厅纳税申报窗口开具缴款书。
4、小规模纳税人需要代开增值税专用发票的，需先在办税服务厅填写“代开增值税发票申请审批表”，到纳税申报窗口办理税款预缴缴款书的开具。[page]
