1.电子身份合法性和提交申报表不可抵赖性：纳税人首先申请数字证书，获得网上身份认证。数字证书在网上相当于身份证或电子公章。有了数字证书，纳税人在网上进行各种电子交易，都有身份认证机构进行确认，确保交易双方身份的合法性。同时使用数字证书，对网上电子交易的各种表单进行加密处理，确保网上交换数据安全，同时保证双方数据不可更改，确保双方数据一致。电子身份认证机构负责解决双方身份认证和交换数据一致性问题。
2.银行根据税务机关的电子凭证在纳税人的纳税账户予以扣款的法律依据：纳税人到税务机关办理纳税账户电子凭证扣税委托书，确认税务机关电子报税委托扣税协议的法律有效性。该委托书一式三份，纳税人、税务机关、银行各执一份。税务机关凭协议书，利用电子扣税协议向银行发送扣税电子凭证，银行凭协议书，在接到税务机关的电子扣税凭证时予以从纳税人相应账户上办理扣款处理。通过三方协议，解决税务机关和银行对纳税人进行电子凭证扣缴税款的法律责任问题，使电子凭证扣缴税款合法化。
3.网上电子申报流程：纳税人使用电子身份认证中心的数字证书进行电子报税，将电子申报表提交给税务机关，税务机关依据纳税人的电子报税申报表首先检验纳税人身份的合法性，通过电子身份认证确认纳税人身份，相当于检验公章，然后对报送的电子申报表进行数据逻辑审核，审核无误后，将应扣缴税款数据联同纳税人账号等基本信息并加上电子报税凭证流水号一起提交给纳税人纳税账户的对应银行。
4.扣缴税款处理流程：银行依据税务机关的电子扣税凭证在纳税人账户上予以扣缴税款，并自动办理入库划转。银行对税务机关提交的每一笔电子扣税凭证进行处理后都必须给予回复。如果在纳税人账户上正常扣缴税款，则回复凭证号和扣缴税款额，并注明正常扣缴税款字样。如果纳税人账户出现异常，如账号余额不足、账号不存在等，也要将相应情况回复给税务机关。
5.征收凭证处理流程：税务机关得到银行回复信息，可以了解纳税人缴纳税款是否正常。如果正常，反馈给纳税人电子报税正常处理完毕结果，并反馈电子报税凭证流水号，同时进行电子报税记账处理。如果不正常，将不正常原因(银行反馈信息)反馈给纳税人，如果属于存款不足，提醒纳税人补足存款再行申报。如果账号不存在，提醒纳税人更改账号，提示申报期限。税务机关在处理完电子报税，包括扣缴税款后，将相应电子报税资料转换到内网，分发给相应管理机构(市县局或服务厅)。[page]
6.电子报税结果确认：纳税人取得税务机关电子报税反馈凭证，如果是电子报税正常处理完毕，则纳税人本次电子报税完成。如果是不正常，需要按照税务机关反馈信息，及时补足存款或更改账号等。纳税人是否办理完电子报税，是以税务机关的回复来确定。
7.电子申报数据法律依据：对于使用电子报税的纳税人，必须将电子报税表单联同税务机关回复的电子报税凭证流水号一起打印成纸介质，并加盖公章留存，打印凭证必须与电子报税的电子凭证数据保持一致，每年分两次邮寄或其他方式报送给税务机关。由此解决纳税人报送申报表的法律依据问题。当年的申报表以电子申报表为依据，并由电子身份认证中心提供法律证明，对于跨年度的申报表，税务机关已经取得纳税人报送的纸介质申报表，法律依据并没有改变。
8.电子申报纳税档案处理：税务机关接到纳税人报送的电子报税的纸介质打印申报表，录入电子报税流水号，对原电子报税记录进行核对，核对无误，做电子报税的纸介质申报表收到登记，并将纸表装入纳税人的资料袋。
