1. 保税区企业除享受国家给予开发区的现行优惠政策外，还享受本办法规定的有关税收优惠待遇。
2. 对保税区内从事加工出口的生产性外商投资企业，可减按15％的税率计征企业所得税。
3. 外资银行、外资银行分行、中外合资银行及财务公司等金融机构在保税区设立的营业机构，外国投资者投入资本或该机构由其总行或分行拨入营运资金超过一千万美元、经营期限在十年以上的，经申请并经税务机关批准，其经营所得可减按15％的税率缴纳企业所得税，并从开始获利年度起，第一年免征企业所得税，第二年和第三年减半征收企业所得税。
外资银行、外资银行分行、中外合资银行及财务公司等金融机构在保税区设立的营业机构，从事贷款业务取得的收入，按3％的税率征收工商统一税，从事其它金融业务取得的收入，按5％的税率征收工商统一税。
4. 外国投资者将其从保税区企业分得的利润，再投资于该企业或兴办新的企业，经营期不少于五年的，经税务机关核准，退还其再投资部分已缴纳企业所得税税款的40％。其再投资企业中属于“产品出口企业”或“先进技术企业”，经营期不少于五年的，退还再投资部分已缴纳的全部企业所得税税款。
5. 从境外进入保税区供保税区内使用的机器设备、基建物资、生产用车辆、交通工具、办公用品、管理设备、以及为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、燃料、包装物料（包括国家限制进口的），供储存的转口货物，免征进口环节的关税和工商统一税或产品税（增值税）。
免税进入保税区的货物经批准再运往非保税区的，照章征收关税和工商统一税或产品税（增值税）。
6. 供保税区内行政管理机构、企业及其工作人员在区内自用的国内生产的基建物资，机器设备和日常办公用品，使用单位应向管委会申报并经批准，由海关查验免征关税。
7. 从非保税区进入保税区的货物，凡符合出口规定的，除国家另有规定外，免征生产环节的工商统一税或产品税（增值税），或退还已征的工商统一税、产品税（增值税）。
广州经济技术开发区企业生产的产品进入保税区直接出口的，按国家规定免征关税。
8. 保税区企业生产的产品，除国家另有规定外，可享受以下税收优惠待遇：
（一）产品运往境外的，免征关税和生产环节的工商统一税或产品税（增值税）；
（二）产品在区内销售的，免征生产环节的工商统一税或产品税（增值税）。
但上款产品经批准进入非保税区的，应按有关规定征收关税和工商统一税或产品税（增值税）。
