根据京财税[2000]2178号文件和财税[2000]42号文件规定，与医疗机构有关的税收政策如下：
医疗机构包括：各级各类医院、门诊部（所）、社区卫生服务中心（站）、急救中心（站）、城乡卫生院、护理院（所）、疗养院、临床检验中心等。疾病控制、妇幼保健等卫生机构具体包括：各级政府及有关部门举办的卫生防疫站（疾病控制中心）、各种专科疾病防治站（所）。各级政府举办的妇幼保健所（站）、母婴保健机构、儿童保健机构等，各级政府举办的血站（血液中心）。
一、关于非营利性医疗机构的税收政策：
医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。
1、对非营利性医疗机构按照国家规定价格取得的医疗服务收入与不按国家规定价格取得的医疗服务收入分别核算，其中按照国家规定价格取得的医疗服务收入，免征各项税收，不按国家规定价格取得的医疗服务收入以及不得享受该项政策。
2、对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入。如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收营业税和企业所得税。但对非营利性医疗机构取得属于行政事业性收费的培训收入，凡纳入财政专户管理的，为非应税收入，暂不征收企业所得税。
3、对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
二、关于营利性医疗机构的税收政策：
对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：
1、对其取得的医疗服务收入免征营业税。
2、对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
以上所征收的税种，3年免税期满后恢复征税。
三、关于疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构的税收政策。
1、对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家规定的价格取得的卫生服务收入（含疫苗接种和调拨、销售收入），免征各项税收。不按照国家规定价格取得的卫生服务收入不得享受上述政策。
2、对疾病控制机构和妇幼保健等卫生机构取得的其他经营收入如直接用于改善本卫生机构卫生服务条件的，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额缴纳企业所得税。
3、对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
四、以上医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税，不包括自身业务之外用于生产、经营、出租等营业行为的房产、土地和车船。
五、营利性与非营利性医疗机构的界定
医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条理进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”和“营利性医疗机构”。
